Zipse verbrachte sein gesamtes bisheriges Berufsleben bei der BMW AG. Er trat 1991 als Trainee im Bereich Entwicklung, Technische Planung und Produktion ins Unternehmen ein. 1992 bis 1994 schloss sich eine Tätigkeit als Projektingenieur in der Technologieentwicklung an. Von 1994 bis 2006 bekleidete er verschiedene Führungsfunktionen in der Entwicklung, Produktion und Produktionsplanung in München und Südafrika. Von 2007 bis 2008 war er der Werksleiter im Mini-Werk Oxford. Von 2009 bis 2012 war er der Leiter der Technischen Planung, bevor er von 2012 bis Mai 2015 der Leiter der Konzernplanung und Produktionsstrategie wurde. Am 13. Mai 2015 wurde er in den Vorstand der BMW AG berufen und folgte damit als Produktionsvorstand dem damaligen Vorstandsvorsitzenden Harald Krüger nach.[6] Am 16. August 2019 übernahm Zipse das Amt des Vorstandsvorsitzenden der BMW AG von Harald Krüger.[7] Sein Vertrag läuft bis Sommer 2026.[8] Am 8. März 2024 wurde er zum "Botschafter der Bergstraße" ernannt.