Dans un article du journal collaborationniste Au pilori, du 13 novembre 1941, il attire l'attention des autorités occupantes sur les membres du Musée de l'Homme, en particulier sur Deborah Lifchitz qu'il décrit en ces termes: « Juive, d’abord citoyenne russe, puis polonaise, enfin naturalisée française après 1936, assistante au département d’Afrique noire et disciple du professeur Marcel Cohen, de la Sorbonne, juif et communiste, maintenue dans ses fonctions plusieurs mois durant par ordre exprès de Rivet, en dépit des lois sur les Juifs. Travaille encore au Musée de l'Homme en qualité de bénévole ». Deborah Lifchitz est arrêtée le 21 février 1942, transférée à Drancy puis à Auschwitz où elle sera gazée peu après son arrivée[3].
En raison de cet article et des conséquences qui ont suivi, la 8e section de la cour de justice de la Seine condamne le 29 mai 1947 Jacques Ploncard à la peine de mort par contumace, peine qui sera ramenée aux travaux forcés à perpétuité par la 14e section le 7 octobre 1949[4].
En 1944, après la chute du régime de Vichy, il s’exile au Portugal, où il est conseiller du Premier ministre Salazar (à qui il a consacré une biographie). À partir de 1957, il publie une quinzaine de volumes sur les grands problèmes de l’heure : le nationalisme, le colonialisme, le progressisme chrétien et le communisme, que la critique remarque[réf. nécessaire]. Il anime également des émissions en français à la radio portugaise[réf. nécessaire], sous le nom de La Voix de l'Occident, qui est aussi le titre d'une publication en français diffusée régulièrement à destination de la France.
Après la révolution des Œillets, il revient en France et collabore notamment au journal Présent. Il est l’auteur du livre Doctrines du nationalisme. Il est le père du neuro-chirurgien et essayiste d'extrême droite Philippe Ploncard d'Assac.
Préface à Henry Coston, Quand la Franc-maçonnerie gouvernait la France, Paris, Centre d'action et de documentation, « Les Cahiers de la France nouvelle », no 2, [1942].
La Franc-maçonnerie ennemie de l'Europe, Paris, C.A.D., « Les Cahiers de la France nouvelle », no spécial du Bulletin d'information anti-maçonnique, [1943].
Signé Jacques Ploncard d'Assac
La Réaction, Paris, « La Librairie Française ».
A Francomaçonaria e o Rotarismo, Lisboa, « Legião Portuguesa », 1957.
A Batalha das Ideias, Coimbra, « Comp. Nac. Editora », 1958
La Crise du communisme, Lisbonne et Paris, La Librairie française, La Voix de l'Occident, no 12, [1965].
Salazar, Paris, La Table Ronde, 1967 ; 2e éd. augmentée, Éditions Dominique Martin Morin, 1983.
Lénine ou la Technique du coup d'État, Paris, Éditions de Permanences (extrait, nos 44-46), 1968.
La Peur des mots, Paris, 1968.
La Nation, l'Europe et la chrétienté, Lisbonne et Paris, Librairie Dauphine, La Voix de l'Occident, no 10, [sans date].
L'Afrique trahie, Lisbonne et Paris, La Voix de l'Occident, no 11, [sans date].
Critique nationaliste, Lisbonne et Paris, Librairie française, La Voix de l'Occident, no 13, [sans date] ; Éd. du Trident, Diffusion la Librairie française, 1987.
Le Poids des clefs de Saint Pierre, suivi de le Reste de la vérité, Paris, La Librairie française (Textes lus au micro de la Voix d'Occident, à Lisbonne), [sans date].
Préface à Luigi Bader, Les Bourbons de France en exil à Gorizia (1836-1845/1875-1886), leurs tombeaux à la Castagnavizza, avec des documents inédits de l'époque de Metternich / Luigi Bader, trad. de l'italien par F. Ditri ; adapté par J. Rousseau et P. Soudan, Paris, Perrin, « Présence de l'histoire », 1977.
Le Secret des francs-maçons, Chiré-en-Montreuil, Éditions de Chiré, 1979 ; 3e éd., 1992.
Éditeur de : 1792 : les dernières marches du trône, documents réunis et présentés par Jacques Ploncard d'Assac, Bouère, Éditions Dominique Martin Morin, 1986.
Autres
Pseudonyme Jacques de Sainte Marie, Notes sur une exposition d'œuvres d'art et de souvenirs historiques appartenant à Monseigneur le Comte de Paris, 1948.
Pseudonyme La Vouldie, Mme Simone de Beauvoir et ses mandarins, 1955.
↑Encyclopédie de la franc-maçonnerie, Le Livre de poche, article « Documents maçonniques », p. 218-219
↑Marianne Lemaire, « Deborah Lifchitz, une carrière d’ethnologue française dans l’entre-deux-guerres », Revue d'histoire des sciences humaines, , p. 197-213 (lire en ligne)
↑Frédéric Charpier, Les plastiqueurs: Une histoire secrète de l'extrême droite violente,, Paris, La découverte,