Cette section est vide, insuffisamment détaillée ou incomplète. Votre aide est la bienvenue ! Comment faire ?
Carrière d'entraîneur
Débuts de carrière (1994-2011)
Jim fait ses premières armes comme consultant offensif au sein des Hilltoppers de Western Kentucky sous les ordres de son père, Jack Harbaugh alors entraineur principal de Western Kentucky. Il occupe un poste de spécialiste du recrutement entre 1994 et 2001.
Jim fait un saut en NFL comme entraîneur des quarterbacks chez les Raiders d'Oakland entre 2002 et 2003.
Entraîneur principal des 49ers de San Francisco (2011-2014)
En 2011, il devient le nouvel entraîneur principal des 49ers de San Francisco. Après que la franchise ait subi depuis plusieurs années la valse des entraîneurs et les mauvais résultats, Harbaugh restructure l'équipe et met notamment à profit son expérience de quarterback pour aider Alex Smith à progresser. Il y réussit, termine avec un bilan de 13 victoires contre 3 défaites, et parvient à emmener son équipe en phase éliminatoire dès sa première saison, alors qu'elle n'avait plus connu ça depuis 2002. Il parvient à mener son équipe jusqu'en finale de conférence, que les 49ers n'avaient plus atteint depuis 1997, mais s'incline toutefois en prolongation, contre les futurs vainqueurs du Super Bowl, les Giants de New York. Il est nommé entraîneur NFL de l'année cette saison-là.
La saison suivante, il amène les 49ers jusqu'aux portes du Super Bowl XLVII, joué contre les Ravens de Baltimore entraînées par son frère John. Jim et les 49ers perdent le match ultime au score de 34 à 31.
En 2013, ils se qualifient pour la finale de conférence pour la troisième année consécutive, mais perdent contre les futurs vainqueurs du Super Bowl, les Seahawks de Seattle.
Il manque la phase éliminatoire pour la première fois lors de la saison 2014, après que son équipe ait terminé la saison avec un bilan de 8 victoires contre 8 défaites. Le 28 décembre 2014, après la fin de la saison, les 49ers annoncent que la franchise et Harbaugh se sont séparés d'un accord commun[2].
Retour au niveau universitaire : Wolverines du Michigan (2015–2023)
Le , Jim Harbaugh est officiellement nommé entraîneur principal des Wolverines du Michigan, équipe avec laquelle il a joué au niveau universitaire[3].