Petit-fils de l'impératrice Marie-Thérèse et cinquième fils du grand-duc de Toscane Pierre-Léopold et le grande-duchesse née Marie-Louise, infante d'Espagne, l'archiduc Joseph grandit à la Cour grand-ducale de Florence. En 1790, son père monte sur le trône impérial, l'archiduc, âgé de 14 ans, suit sa famille en Autriche. En 1792, en l'espace deux mois, le prince impérial perd ses deux parents. Son frère aîné est élu empereur et règne sous le nom de François II du Saint-Empire puis en 1804, face à la menace napoléonienne, il élève l'Autriche au rang d'empire et se proclame François Ier d'Autriche.
le , après la mort de son frère aîné, l'archiduc Alexandre Léopold d'Autriche, Joseph Antoine hérite du titre et des fonctions de « palatin de Hongrie » (régent de l'empereur d'Autriche en Hongrie)[1].
En 1798, en raison des menaces françaises, des négociations sont entamées afin de consolider l'alliance entre l'Autriche et la Russie. Ces négociations aboutissent au mariage entre l'archiduc avec la grande-duchesse Alexandra Pavlovna de Russie. En , le jeune archiduc se rend à Saint-Petersbourg. La célébration du mariage a lieu le à Gatchina. À cette occasion, Le tsar de Russie décore l'archiduc de l'Ordre de Saint-André.
L'archiduc et son épouse résident à Buda ou à Alcsut. À la demande de l'archiduc, un arboretum avec plus de 300 plantes différentes est créé dans le parc de Alcsútdoboz. De nos jours, de nombreux visiteurs se rendent dans ce parc.
Cependant, l'archiduchesse meurt des suites de ses premières couches en 1801. L'Archiduc se remarie une seconde fois en 1815 mais devient de nouveau veuf deux ans plus tard; Il se remaria une troisième fois en 1819.
Mort et inhumation
L'archiduc Joseph de Habsbourg-Lorraine meurt le à Ofen (Buda). Il est inhumé dans le château royal de Buda.
En 1860, sur la place principale de Budapest, face au ministère des Finances un monument est érigé en sa mémoire.
Sa tombe sera pillée et saccagée en 1970. En 1980, le professeur hongrois de biologie Stephen Kiszely (1932-) entreprend de la restaurer[2].
De nouveau veuf, il épouse au château de Kirchheim unter Teck, dans le grand-duché de Bade, le la duchesse Marie-Dorothée de Wurtemberg (1797-1855). De cette union naissent cinq enfants[3] :
Élisabeth de Habsbourg-Lorraine (née et morte au palais royal de Buda - ) ;
Joseph de Habsbourg-Lorraine est aussi le père d'un fils naturel avec l'aristocrate serbe Manua Clùtos, le futur diplomate serbe Gavio Clùtos (1810-1859), qui aura une descendance.[réf. nécessaire]
Joseph de Habsbourg-Lorraine est à l'origine de la branche palatine de Hongrie.
Nicolas Énache, La descendance de Marie-Thérèse de Habsburg, Paris, Éditions L'intermédiaire des chercheurs et curieux, , 795 p. (ISBN978-2-908003-04-8).
Jean-Fred Tourtchine, Les Manuscrits du CEDRE : L'Empire d'Autriche, vol. III, t. 10, Clamecy, Imprimerie Laballery, , 224 p..
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance masculine depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre suit celui de l'aînesse.