Le programme de reprise des Girondins pour cette saison fut fixé par Laurent Blanc. L'équipe a repris l'entraînement le 3 juillet pour une pré-saison avant de partir en Bretagne à Dinard du 4 au 12 juillet.
Pour leur premier match amical disputé à Dinard, les Girondins de Bordeaux ont concédé le match nul face à Brest (1-1). Pierre Ducasse égalise d'un puissant coup franc en deuxième période (69e).
Laurent Blanc fait jouer une équipe par mi-temps, ce qui constitue le premier match en marine et blanc de Cédric Carrasso.
Les Girondins perdent la deuxième rencontre de préparation contre le TFC. Laurent Blanc en profite pour réaliser une bonne revue d'effectif. C'est le début de Jaroslav Plašil avec les Girondins
Dans le troisième match amical, à Dax, Bordeaux bat l'OM dans un match de qualité compte tenu de la période de l'année. Les Girondins s'imposent sur le score de 2 à 1 avec un but de Gourcuff (sur penalty) et de Lucho Gonzalez (contre son camp) pour les bordelais et de Taiwo côté marseillais.
Le quatrième match amical fut joué dans la foulée du Trophée des champions à Montréal, contre l'Impact de Montréal (United Soccer Leagues). Imposé par la ligue, l'équipe, sans forcer son talent ni avec ses joueurs vedettes, maîtrise la partie devant quelque onze mille spectateurs au stade Saputo. Cette tournée avait pour objectif de promouvoir le football français à l'étranger[14].
Pour leur dernier match de préparation, les Girondins ont disposé des Espagnols de Villareal (2-0) grâce à des buts de Bellion et de Fernando. Mickaël Ciani, qui faisait son début, a joué la seconde mi-temps aux côtés de Henrique.
Durant la trêve internationale de septembre, Bordeaux a été tenu en échec (0-0) par Osasuna. En l'absence de ses internationaux, Laurent Blanc a donné du temps de jeu à des joueurs qui en manquaient : Ulrich Ramé, qui avait récupéré le brassard de capitaine, Placente, Jurietti, Sané, Sertic et Traoré, tous titulaires. À noter que les Girondins ont joué en infériorité numérique pendant près d'une heure à la suite de l'expulsion de Jurietti pour contestation (33e).
Lors de la trêve internationale d'octobre, les Girondins de Bordeaux concèdent le nul face au SCO Angers, club de Ligue 2. Le match se joue au Stade René Gaillard à Niort.
Enfin, durant la trêve internationale de novembre, le club est opposé au FC Nantes (Ligue 2) à Saintes. Les Girondins de Bordeaux s'imposent très largement, cinq à zéro.
La Ligue de Football Professionnel, réunie le 12 mai 2009, décide d'organiser le Trophée des champions à venir à Montréal, au Canada[15].
C'est la première fois que le Trophée des champions a lieu à l'étranger. L'objectif est de promouvoir le football professionnel français à l'international. Avec 4 millions d'habitants, Montréal est la seconde plus grande agglomération francophone du monde. Le "soccer" y est en plein développement, comme sur l'ensemble du continent nord américain.
Le match opposant les Girondins de Bordeauxs champion de Ligue 1 au vainqueur de la Coupe de France, l'EA Guingamp, se déroule le samedi 25 juillet à 15h00, heure locale soit 21h00 en France. Le match est retransmis pour la France par la chaîne de TNTDirect 8.
Les Girondins de Bordeaux remportent le Trophée des champions en battant Guingamp au stade Olympique de Montréal. Au Canada, les joueurs de Laurent Blanc gardent leur titre et commencent la saison de la meilleure des manières.
En tant que club participant à une coupe d'Europe, l'équipe est exempte des seizièmes de finale. Faisant partie des quatre meilleurs clubs de Ligue 1 en 2009, les Girondins de Bordeaux ne peuvent rencontrer les trois autres (Lyon, Marseille, Toulouse) avant les demi-finales.
Avec leur première place en phase de groupe, les Girondins sont avantagés au tirage au sort car ils doivent affronter une équipe non-française deuxième de son groupe (hors Bayern), ce qui comprend tout de même les deux équipes milanaises, Stuttgart, le CSKA Moscou, l'Olympiakos, et le FC Porto.
Après le tirage, Jean-Louis Triaud affirme que le club « voulait éviter l'Inter de Milan, mais que les dirigeants d'Olympiakos doivent avoir le même sentiment : ils doivent être contents du tirage. »[20]
Bordeaux entame parfaitement son championnat en prenant déjà la première place, en étant la seule équipe de la première journée à marquer à 4 reprises, contre le promu lensois. Le club girondin continue d'écrire l'histoire du football français avec 12 victoires consécutives en L1, et même si ces victoires s'étalent sur deux saisons, c'est un record absolu[21]. Le record de victoires consécutives en L1 s'arrête le 30 août lors de la quatrième journée où Bordeaux concède le nul au Vélodrome après un but refusé dans les arrêts de jeu pour une faute imaginaire, le compteur s'arrête donc à 14[22].
Septembre 2009
Après le match nul rapporté du vélodrome, Bordeaux repart sur une série de victoires en championnat, en battant Grenoble, Boulogne, et Rennes. Ainsi, après la 7e journée l'équipe est première de Ligue 1 avec 19 points, 2 d'avance sur l'Olympique lyonnais. Parallèlement la saison européenne débute. Engagé dans le groupe A de la Ligue des Champions, les Girondins commencent par un bon résultat obtenu à Turin face à la Juventus (match nul 1-1, but de Jaroslav Plašil, le 15 septembre), puis enchaine sur une victoire à domicile aux dépens du Maccabi Haifa, club israélien (1-0, but de Michaël Ciani, le 30 septembre). Bordeaux partage alors la tête du groupe avec le Bayern Munich, avant leur double confrontation prévue les 21 octobre et 3 novembre.
Octobre 2009
La 8e journée ne profite pas aux Girondins qui, sans Yoann Gourcuff (blessé) et avec une équipe largement remaniée (3 titulaires seulement par rapport au match précédent) en raison des trois matchs effectués en six jours dont un match de Ligue des Champions, perdent 3-1 à Saint-Étienne. La série de 22 matchs sans défaite dont 18 en L1 s'arrête alors ici[23]. De plus, avec 20 points à mettre au crédit de Lyon, soit 1 de plus que Bordeaux, le champion en titre doit laisser la première place du classement au septuple champion de France.
Il s'ensuit une deuxième défaite d'affilée en championnat (1-0 face à Auxerre), ce qui fait descendre Bordeaux à la troisième place, mais toujours à un point derrière l'OL, qui s'est également incliné à domicile durant le week-end.
Le 21 octobre, pour le 3e match du groupe A de la Ligue des Champions, une victoire 2-1 à domicile face au FC Bayern Munich. Les deux buteurs sont défenseurs : Michaël Ciani et Marc Planus. Pourtant, l'équipe avait inscrit un but contre son camp et manqué deux penalties. Ce succès leur permet de prendre seuls la tête du groupe.
Le 24 octobre, Bordeaux clôt sa mauvaise série en championnat, en s'imposant à domicile 3-0 face au Mans. Ils reprennent au passage la première place de la Ligue 1, Lyon ayant été défait au même moment par Nice 4 buts à 1.
Le 31 octobre, dans ce qui se révèle être un choc du championnat, Bordeaux s'impose à domicile contre l'AS Monaco 1-0 à la suite d'un but de Marc Planus. À ce moment en effet, Monaco est deuxième à un seul point. Ce match permet aux Girondins de consolider leur première place avec 2 points d'avance sur Lyon et 4 sur leurs adversaires monégasques, désormais 3e.
Novembre 2009
15e et dernière journée du mois de novembre, c'est par une large victoire de 3 buts à zéro que Bordeaux s'impose à Nancy. Bordeaux reprend la première place qu'Auxerre lui avait prise lors de la 14e journée. Le match nul de Lyon permet aux joueurs de Laurent Blanc de mettre l'équipe à deux points devant, soit 28. Au cours de cette semaine, Bordeaux a marqué 5 buts, entre les victoires en Ligue des Champions et en L1.
Février 2010
Baisse de régime pour Bordeaux, qui perd lourdement à Rennes (4-2) le 6 février mais reste toutefois leader du championnat avec 3 points d'avance sur son poursuivant Montpellier.
Mars 2010
Le mois de mars marque une baisse notable dans la régularité des résultats pour Bordeaux, qui totalise 1 victoire, 2 matchs nuls et 1 défaite en championnat. Bordeaux reste néanmoins leader du championnat, avec 2 matchs en retard à jouer par rapport à ses poursuivants. Fin mars, Bordeaux subit une cuisante défaite en finale de la Coupe de la Ligue (1-3) face à Marseille, avant de subir une déconvenue sur le terrain de Lyon en quart de finale aller de la ligue des champions (1-3), qui hypothèque les chances de qualification bordelaise pour les demi-finales
Avril 2010
En ce début de mois, Bordeaux est en chute libre. En championnat, une défaite face à Nancy (1-2) précède l'élimination en ligue des champions malgré la victoire (1-0) contre Lyon au match retour. À la suite de cette élimination en Ligue des champions, les résultats en championnat deviennent très inquiétants : défaite (1-3) à Paris puis nouvelle défaite (1-2) au Mans, pourtant relégable. Bordeaux pointe désormais à la 5e place du championnat. En moins d'un mois, Bordeaux a perdu une finale, a concédé une élimination en ligue des champions, puis enchainé 3 défaites en championnat qui hypothèquent le titre de champion de France.
↑Prévue pour le mercredi 28 octobre, la totalité des rencontres fut reportée pour ménager les joueurs de l'équipe de France de football devant jouer en barrages quelques semaines plus tard.
↑La rencontre contre Auxerre fut reportée à la demande du club, pour laisser du temps pour préparer la rencontre face à l'Olympiakos. Le club avait invoqué un calendrier surchargé, avec deux matchs par semaine du 13 janvier au 16 février.
↑La rencontre fut reportée par crainte de mauvaises conditions météorologiques, peu avant le passage de la tempête Xynthia.
↑Prévue pour le dimanche 28 mars, la rencontre fut reportée du fait de la finale de la Coupe de la Ligue.