Le magazine est créé en 1978. Il s'appelait Shōnen Sunday Zōkan(週刊少年サンデー増刊号?) et était mensuel. En 1995, le magazine est renommé Shōnen Sunday Super(少年サンデー超?). En , le magazine devient bimensuel, mais il retrouve son statut mensuel en .
En , le magazine est une nouvelle fois renommé ; Shōnen Sunday Super(少年サンデー超?) devient alors Shōnen Sunday S(少年サンデーS?)[2],[3].