La Société linnéenne de Lyon s'affranchit de la tutelle parisienne dès 1823 et cesse rapidement de se préoccuper de limites géographiques. En 1860, elle renonce à l’obligation de résidence à Lyon et devient une société d'envergure nationale voire internationale. Elle passe de 20 membres en 1822 à plus de 3000 en 1930 avant de retomber à 1100 membres à la fin du XXe siècle[1]. Elle est reconnue d'utilité publique par décret du .
Les frères Auguste et Émile Burle font don de leur vivant de leur immense herbier des environs de Gap, comportant près de 30 000 parts, à la société linnéenne de Lyon.
En 2018, elle reçoit un accessit du prix des sociétés savantes de la Fondation des travaux historiques et scientifiques[2].
La Société linnéenne de Lyon possède actuellement six sections: sciences de la terre, botanique, mycologie, entomologie, jardins alpins et section générale.