Durante la riforma protestante Berlino passò totalmente alla nuova confessione religiosa grazie all'opera di zelanti predicatori luterani e alle determinazioni del principe elettore Gioacchino II di Brandeburgo. Il cattolicesimo venne estirpato con misure restrittive, in particolare durante il principato di Federico Guglielmo I di Brandeburgo (1640-1688), che vietò anche l'esercizio privato del cattolicesimo a Berlino e in tutta la regione; e benché ci fossero cappelle cattoliche nelle ambasciate di Austria e di Francia, vietò ai berlinesi di accedervi e prendere parte alle cerimonie cattoliche che vi si svolgevano.
La situazione per i cattolici migliorò a cavallo tra i secoli XVII e XVIII, quando il principe Federico III, nelle trattative con l'imperatore per vedersi riconoscere come primo re di Prussia, dovette fare delle concessioni. Nel 1701 il delegato del vicario apostolico delle missioni settentrionali, Agostino Steffani, poté celebrare una messa a Berlino, ma non riuscì a far riconoscere la sua giurisdizione sulla città; l'anno successivo segnalò a Propaganda Fide che nella capitale prussiana vi erano circa 900 cattolici.
Nel 1719 i cattolici berlinesi ottennero da Federico Guglielmo I un locale dove celebrare le proprie funzioni religiose, che vennero affidate dal re al domenicano padre Torck, che ottenne per primo il titolo di prevosto da Federico II. Questo re, per amicarsi i suoi sudditi cattolici, in particolare quelli della Slesia appena conquistata, fece costruire, tra il 1746 e il 1773, la chiesa di Sant'Edvige, che ottenne il titolo di parrocchia, ma sottomessa all'autorità dei pastori protestanti. Dal punto di vista giuridico, i cattolici di Berlino e della sua regione dipendevano dal vicariato apostolico dell'Alta e Bassa Sassonia fino al 1780 e poi di nuovo da quello delle missioni settentrionali, ma poiché questi vicari non vi poterono mai esercitare alcuna effettiva giurisdizione, nel 1806 trasferirono i loro diritti ai vescovi di Breslavia.
Il 16 luglio 1821, con la bollaDe salute animarum, papa Pio VII riorganizzò le circoscrizioni ecclesiastiche cattoliche nel regno di Prussia. Berlino divenne la sede di una delegazione, con giurisdizione su gran parte del Brandeburgo e della Pomerania, dipendente dalla diocesi di Breslavia, i cui vescovi ne erano amministratori perpetui;[2] e i prevosti di Sant'Edvige, in qualità di delegati (Fürstbischöfliche delegatur), entrarono di diritto a far parte del capitolo della cattedrale di Breslavia.[3] Successivamente la delegazione fu elevata al rango di amministrazione apostolica. Nel 1909 la delegazione, estesa all'incirca su 60.000 km², era divisa in 8 arcipreture e 92 parrocchie, con poco più di 440.000 cattolici e 140 preti.[4]
La diocesi di Berlino fu eretta il 13 agosto 1930 in forza della bolla Pastoralis officii nostri di papa Pio XI con i territori che erano appartenuti all'amministrazione apostolica, contestualmente soppressa. La chiesa di Sant'Edvige divenne la cattedrale della nuova diocesi, assegnata alla provincia ecclesiastica dell'arcidiocesi di Breslavia.
^(LA) Nussi, Conventiones de rebus ecclesiasticis, p. 200, nº 33. (FR) Grisar, Dictionnaire d'Histoire et de Géographie ecclésiastiques, vol. VIII, col. 515.
^(LA) Nussi, Conventiones de rebus ecclesiasticis, p. 192, nº 19.