Eigen studiò il contenuto degli acidi nucleici, attraverso la polimerasi riproducente la nucleasi. Con la ripetizione di cicli anabolici e catabolici ha ricreato gli acidi nucleici, creando una mutazione genetica resistente alla ossidazione. Tali sperimentazione richiedono poche ore di lavoro.
Queste ricerche portarono allo sviluppo della Evolutionsmaschine, un bioreattore che può essere usato per lo studio in vitro di virus e altri microrganismi. Variando i parametri del reattore si variano la frequenza e la velocità di reazione delle mutazioni. Questi procedimenti sono utilizzati su scala industriale.[2]
Eigen ha fondato due aziende biotecnologiche, Evotec e Direvo, nel campo del High-Throughput-Screening e della Directed evolution.
Manfred Eigen: Molekulare Selbstorganisation und Evolution. (Self organization of matter and the evolution of biological macro molecules.), Naturwissenschaften Band 58(10), S. 465–523, 1971.
Manfred Eigen und Ruthild Winkler: Das Spiel. Piper Verlag 1975, ISBN 3-492-02151-4. Neu aufgelegt 2010: Das Spiel. Christian Rieck Verlag Eschborn.
Manfred Eigen, Peter Schuster: The Hypercycle – A Principle of Natural Self-Organization. Springer-Verlag, Berlin 1979.
Manfred Eigen: Stufen zum Leben. Piper Verlag, 1987.
Manfred Eigen: Perspektiven der Wissenschaft - Jenseits von Ideologien und Wunschdenken. DVA, Stuttgart, 1988. ISBN 3-421-02752-8