Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti il Milton Keynes Dons Football Club nelle competizioni ufficiali della stagione 2008-2009.
La squadra, neopromossa nella League One, giunge al terzo posto perdendo la semifinale play-off per la promozione in seconda serie contro lo Scunthorpe United (1-1 all'andata, 0-0 al ritorno e sconfitta per 7-6 ai calci di rigore).