Dal 2009 lavora a Il Fatto Quotidiano, dove per cinque anni ha curato la sezione economica[3] pubblicata abitualmente di mercoledì. Dal novembre 2011 è invitato dalla Rai a condurre per una settimana all'anno la trasmissione radiofonica Prima pagina[4], su Rai Radio 3. Dal 2012 al 2014 fa parte della squadra di collaboratori di Otto e mezzo di Lilli Gruber.[5]
A febbraio 2015, dopo la nomina di Marco Travaglio a direttore, Feltri diventa vicedirettore de Il Fatto Quotidiano, carica che mantiene fino alla fine di luglio 2019. Nel marzo 2017 assieme ad altri giornalisti si è recato a Damasco al seguito di una delegazione dei 6 europarlamentari, fra cui Stefano Maullu (Forza Italia) e Fabio Massimo Castaldo (Movimento 5 Stelle) ed ha intervistato il presidente siriano Bashar al-Assad[6], con precise regole di ingaggio[ossia].[7] Martino Mazzonis su Left ha criticato Il Fatto Quotidiano, Avvenire e il TG1 con l'accusa di essersi "prestati a fare da portavoce a un dittatore sanguinario".[8] Feltri ha risposto rivendicando l'opportunità dell'intervista.[9]
Tra la fine di maggio e l'inizio di giugno del 2019 ha partecipato all'incontro annuale del Gruppo Bilderberg.[10]
Da maggio 2020 è il direttore del quotidiano Domani, edito da Carlo De Benedetti, andato in stampa per la prima volta il 15 settembre dello stesso anno.[14] Il 6 aprile 2023 viene sostituito da Emiliano Fittipaldi.[15]
Dopo l'uscita da Domani, ha lanciato il suo progetto personale Appunti: una newsletter sulla piattaforma Substack, che offre contenuti gratuiti e per abbonati, e un podcast omonimo con interviste lunghe di approfondimento sull'attualità. Nel giro di pochi mesi, Appunti ha superato i 9.000 iscritti, dei quali 1.000 con un abbonamento a pagamento per sostenere il progetto.Da fine 2023 è editorialista del giornale Milano Finanza
Su Rai Radio 3 conduce ogni domenica alle 13.30 Le parole dell'economia. Collabora, tra l'altro, con MF-Milano Finanza, Vanity Fair e Style del Corriere della Sera. Tiene una rubrica sulle pagine di economia del settimanale "Internazionale" dal titolo "Micro".
Nonostante la parziale omonimia, non ha alcuna parentela con i giornalisti Vittorio Feltri e Mattia Feltri, tra loro rispettivamente padre e figlio.[16]
Opere
Il candidato. Tutti conoscono Montezemolo, nessuno sa chi è davvero, Reggio Emilia, Aliberti, 2011, ISBN978-88-742-4813-1.
Fabrizio Barca, La traversata. Una nuova idea di partito e di governo, collana Serie Bianca, intervista di Stefano Feltri, Milano, Feltrinelli, 2013, ISBN978-88-071-7270-0.
Alessandro Barbera e Stefano Feltri, La lunga notte dell'euro. Chi comanda davvero in Europa, Milano, Rizzoli, 2014, ISBN978-88-170-7482-7.
La politica non serve a niente. Perché non sarà il Palazzo a salvarci, Milano, Rizzoli, 2015, ISBN978-88-170-8192-4.
Populismo sovrano, Collana Vele n.134, Torino, Einaudi, 2018, ISBN978-88-062-3505-5.
Il partito degli influencer. Perché il potere dei social network è una sfida alla democrazia, Collana Passaggi, Torino, Einaudi, 2022, ISBN978-88-062-5123-9.
Inflazione. Cos'è, da dove viene e come ne usciremo, Milano, UTET, 2023, ISBN979-12-212-0506-0.
^L'Upa chiama Alesina e Attali, su archiviostorico.corriere.it, Corriere della sera. URL consultato il 25 ottobre 2011 (archiviato dall'url originale il 1º gennaio 2016).