Pristis pristis、インド洋と西太平洋の P. microdon、東太平洋と大西洋の P. perotteti は歴史的にかなりの混乱を引き起こしてきたが、2013年に発表された証拠により、形態学的および遺伝学的差異がないため、 3種は同種であることが明らかになった[5]。その結果、P. microdon と P. perotteti は P. pristis のシノニムとして扱われるようになった[1][6][7][8][9][10]。NADHデヒドロゲナーゼ遺伝子の解析に基づくと、ノコギリエイには大西洋、インド洋と西太平洋、東太平洋の3つの主要な系統がある[5]。学名の Pristis(属名と種小名)は、ギリシア語で「のこぎり」を意味する言葉に由来する[11]。
本種を含めたノコギリエイ科魚類は2007年にワシントン条約の附属書Iに加えられ、国際取引が制限されるようになった[29]。海水魚としては初めて、2003年にアメリカ海洋漁業局により絶滅の危機に瀕する種の保存に関する法律による絶滅危惧種への指定が試みられたが、却下された[11]。しかし、2011年には P. perotteti として絶滅危惧種に指定された[35]。分類の変更を受けて、2014年12月に P. pristis に更新された[36]。ノコギリエイ類はオーストラリアと米国で保護されており、多くの保全プロジェクトが開始されているが[6][10][25]、ノコギリエイは米国における最後に確認された記録が1961年にテキサス州ヌエセスで確認されたものであり、おそらく現在は絶滅している[14]。さらに、バングラデシュ、ブラジル、ギニア、インド、インドネシア、マレーシア、メキシコ、ニカラグア、セネガル、南アフリカでも一定の保護を受けているが、違法漁業は続いており、漁業法の執行が不十分な場合が多く、これらの国のいくつかではすでに絶滅している[1][10]。
水族館でも最も一般的なノコギリエイ類であり、シノニム P. microdon として展示されることも多い。2014年に北米の水族館で16個体(雄10尾、雌6尾)、2013年にヨーロッパの水族館で5個体(雄3尾、雌2尾)、2017年にオーストラリアの水族館で13個体(雄6尾、雌7尾)が飼育されている[25]。アジア地域の水族館でも飼育されている[37]。日本では登別マリンパークニクスに1個体、アクアパーク品川に1個体、伊勢シーパラダイスに1個体が飼育されている。かつては京急油壺マリンパーク、志摩マリンランド、しながわ水族館でも飼育されていた。
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