Wikipedysta:Kpjas/RNA


W organizmach żywych kwasy rybonukleinowe (RNA) występują w wielu różnych formach, których budowa jest bezpośrednio związana z wyspecjalizowanymi funkcjami, które wypełniają.

To zestawienie przedstawia rodzaje cząsteczek kwasu rybonukleinowego, pogrupowane według ich funkcji. Podane są używane skróty nazw, krótkie opisy funkcji i obszar występowania.

Funkcje RNA

RNA w syntezie białek
Typ Skrót Funkcja Gdzie obecny Przypis
matrycowy RNA mRNA kod genetyczny dla białka wszystkie organizmy
rybosomalny RNA rRNA translacja wszystkie organizmy
SRP RNA 7SL RNA or SRP RNA Membrane integration wszystkie organizmy [1]
transferowy RNA tRNA translacja wszystkie organizmy
tmRNA tmRNA Rescuing stalled ribosomes bakterie [2]
RNA w potranskrypcyjnej modyfikacji oraz replikacji DNA
Typ Skrót Funkcja Gdzie występuje Przypis
mały jądrowy RNA snRNA Splicing i inne funkcje eukarionty i archeony [3]
małe jąderkowe RNA snoRNA modyfikacja cząsteczek RNA eukarionty i archeony [4]
SmY RNA SmY mRNA trans-splicing Nematodes [5]
Small Cajal body-specific RNA scaRNA rodzaj snoRNA; modyfikacja cząsteczek RNA
Guide RNA gRNA mRNA nucleotide modification Kinetoplastid mitochondria [6]
Ribonuclease P RNase P tRNA maturation wszystkie organizmy [7]
Ribonuclease MRP RNase MRP rRNA maturation, DNA replication eukarionty [8]
Y RNA RNA processing, DNA replication zwierzęta [9]
RNA telomerazy TERC Telomere synthesis większość eukariotów [10]
Spliced Leader RNA SL RNA mRNA trans-splicing, RNA processing
Regulatory RNAs
Typ Skrót Funkcja Gdzie występuje Przypis
Antisense RNA aRNA, asRNA Transcriptional attenuation / mRNA degradation / mRNA stabilisation / Translation block wszystkie organizmy [11][12]
Cis-natural antisense transcript cis-NAT Gene regulation
CRISPR RNA crRNA mechanizm odporności przeciwpasożytniczej, przez działanie na ich DNA bakterie i archeony [13]
Long noncoding RNA lncRNA Regulation of gene transcription, epigenetic regulation eukarionty
microRNA miRNA Gene regulation większość eukariontów [14]
Piwi-interacting RNA piRNA Transposon defense, być może inne funkcje większość zwierząt [15][16]
krótki interferujący RNA siRNA Gene regulation większość eukariotów [17]
Short hairpin RNA shRNA Gene regulation większość eukariontów [18]
Trans-acting siRNA tasiRNA Gene regulation rośliny lądowe [19]
Repeat associated siRNA rasiRNA rodzaj piRNA; transposon defense Drosophila

[20]

7SK RNA 7SK negatively regulating CDK9/cyclin T complex
Enhancer RNA eRNA Gene regulation [21]
Parasitic RNAs
Type Function Distribution Ref.
Retrotransposon Self-propagating eukarionty i some bacteria [22]
Viral genome Information carrier Double-stranded RNA viruses, positive-sense RNA viruses, negative-sense RNA viruses, many satellite viruses and reverse transcribing viruses
Viroid Self-propagating Infected plants [23]
Satellite RNA Self-propagating Infected cells
Other RNAs
Type Abbr. Function Distribution Ref.
Vault RNA vRNA, vtRNA Expulsion of xenobiotics (conjectured) [24]

Skrótowce związane z RNA

Skrót Nazwa Rodzina Opis Przypis
ncRNA niekodujący RNA -
nmRNA non messenger RNA - synonim ncRNA
sRNA small RNA - synonim ncRNA
smnRNA small non messenger RNA - synonim ncRNA
tRNA transferowy RNA, od ang. transfer RNA RF00005
sRNA od ang. soluble RNA - synonim tRNA
mRNA matrycowy RNA, ang. messenger RNA -
pcRNA kodujący RNA, of ang. protein coding RNA - synonim mRNA
rRNA rybosomalny RNA wiele rodzin
5S rRNA 5S ribosomal RNA RF00001
5.8S rRNA 5.8S ribosomal RNA RF00002
SSU rRNA small subunit ribosomal RNA CL00111
LSU rRNA large subunit ribosomal RNA CL00112
NoRC RNA nucleolar remodeling complex associated RNA RF01518
pRNA promoter RNA RF01518 synonim NoRC RNA
6S RNA 6S RNA RF00013
SsrS RNA RF00013 synonim 6S RNA
aRNA antysensowy RNA - synonim asRNA
asRNA antysensowy RNA -
asmiRNA antisense micro RNA -
cis-NAT cis-natural antisense transcript - Natural antisense transcripts transcribed from the same genomic locus as their target but from the opposite DNA strand and form perfect pairs
crRNA CRISPR RNA -
tracrRNA trans-activating crRNA -
CRISPR RNA CRISPR-Cas RNA wiele rodzin
DD RNA DNA damage response RNA - RNA that activates DNA damage response
diRNA DSB-induced small RNAs -
dsRNA dwuniciowy RNA -
endo-siRNA endogenous small interfering RNA -
exRNA extracellular RNA -
gRNA korygujący RNA, ang. guide RNA -
hc-siRNA heterochromatic small interfering RNA -
hcsiRNA heterochromatic small interfering RNA - synonim hc-siRNA
hnRNA heterogenny jądrowy RNA - synonim dla pre-mRNA (dokładniej mówiąc, może zawierać jądrowe transkrypty RNA, które nie zostaną później cytoplazmatycznym mRNA)
RNAi interferencja RNA, od amg. RNA interference - Process in which RNA inhibit gene expression or translation, by neutralizing targeted mRNA molecules
lincRNA long intergenic non-coding RNA -
lncRNA long non coding RNA -
miRNA mikroRNA wiele rodzin
mrpRNA mitochondrial RNA processing ribonuclease - synonim RNase MRP
nat-siRNA natural antisense short interfering RNA - synonim natsiRNA
natsiRNA natural antisense short interfering RNA - Endogenous RNA regulators, between 21 and 24 nt in length, and are generated from complementary mRNA transcripts which are further processed into siRNA
OxyS RNA oxidative stress response RNA RF00035 Small non coding RNA which is induced in response to oxidative stress in Escherichia coli
piRNA piwi-interacting RNA wiele rodzin Małe RNA, które tworzą kompleksy RNA-białko z białkami piwi w komórkach zwierzęcych
qiRNA QDE-2 interfering RNA -
rasiRNA Repeat associated siRNA - Small RNA that is involved in the RNA interference pathway, a type of piRNA
RNase MRP mitochondrial RNA processing ribonuclease RF00030
RNase P ribonuclease P RF00010 A type of ribonuclease which cleaves RNA
scaRNA small Cajal body-specific RNA RF00553
scnRNA small-scan RNA -
scRNA small cytoplasmic RNA -
scRNA small conditional RNA -
SgrS RNA sugar transport-related sRNA RF00534 Small RNA that is activated by SgrR in Escherichia coli during glucose-phosphate stress
shRNA short hairpin RNA -
siRNA small interfering RNA -
SL RNA spliced leader RNA wiele rodzin
SmY RNA mRNA trans-splicing RF01844 Small nuclear RNAs found in some species of nematode worms, thought to be involved in mRNA trans-splicing
snoRNA małe jąderkowe RNA, od ang. small nucleolar RNA wiele rodzin
snRNA małe jądrowe RNA, od ang. small nuclear RNA wiele rodzin
snRNP small nuclear ribonucleic proteins -
SRP RNA signal recognition particle RNA CL00003
ssRNA RNA jednoniciowy, od ang. single stranded RNA -
stRNA small temporal RNA -
tasiRNA trans-acting siRNA -
tmRNA transfer-messenger RNA RF00023 Bakteryjna cząsteczka RNA z podwójnymi własnościami: tRNA- i mRNA-podobnymi
uRNA U spliceosomal RNA wiele rodzin
vRNA vault RNA - synonim vtRNA
vtRNA vault RNA RF00006
Xist RNA X-inactive specific transcript
Y RNA Y RNA RF00019 Components of the Ro60 ribonucleoprotein particle and necessary for DNA replication through interactions with chromatin and initiation proteins
NATs natural antisense transcripts - Natural antisense transcripts encoded within a cell that have transcript complementarity to other RNA transcripts
pre-mRNA precursor messenger RNA - niedojrzały, jednoniciowy matrycowy RNA
circRNA circular RNA -
msRNA multicopy, single-stranded RNA Component of retrons

[25]

Przypisy

  1. ↑ Simonetta Gribaldo, Celine Brochier-Armanet, The origin and evolution of Archaea: a state of the art, „Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences”, 361 (1470), 2006, s. 1007–1022, DOI: 10.1098/rstb.2006.1841, ISSN 0962-8436, PMID: 16754611, PMCID: PMC1578729 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  2. ↑ Reynald Gillet, Brice Felden, Emerging views on tmRNA-mediated protein tagging and ribosome rescue, „Molecular Microbiology”, 42 (4), 2001, s. 879–885, DOI: 10.1046/j.1365-2958.2001.02701.x, ISSN 0950-382X [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  3. ↑ Stéphane Thore, Claudine Mayer, Claude Sauter, Stephen Weeks, Dietrich Suck, Crystal Structures of the Pyrococcus abyssi Sm Core and Its Complex with RNA: COMMON FEATURES OF RNA BINDING IN ARCHAEA AND EUKARYA, „Journal of Biological Chemistry”, 278 (2), 2003, s. 1239–1247, DOI: 10.1074/jbc.M207685200, ISSN 0021-9258 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  4. ↑ T. Kiss, NEW EMBO MEMBER'S REVIEW: Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs, „The EMBO Journal”, 20 (14), 2001, s. 3617–3622, DOI: 10.1093/emboj/20.14.3617, PMID: 11447102, PMCID: PMC125535 [dostęp 2019-03-20].
  5. ↑ Thomas A. Jones, Wolfgang Otto, Manja Marz, Sean R. Eddy, Peter F. Stadler, A survey of nematode SmY RNAs, „RNA Biology”, 6 (1), 2009, s. 5–8, DOI: 10.4161/rna.6.1.7634, ISSN 1547-6286 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  6. ↑ J. Alfonzo, The mechanism of U insertion/deletion RNA editing in kinetoplastid mitochondria, „Nucleic Acids Research”, 25 (19), 1997, s. 3751–3759, DOI: 10.1093/nar/25.19.3751 [dostęp 2019-03-20].
  7. ↑ J.A. Pannucci, E.S. Haas, T.A. Hall, J.K. Harris, J.W. Brown, RNase P RNAs from some Archaea are catalytically active, „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America”, 96 (14), 1999, s. 7803–7808, DOI: 10.1073/pnas.96.14.7803, ISSN 0027-8424 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  8. ↑ Michael D Woodhams, Peter F Stadler, David Penny, Lesley J Collins, RNase MRP and the RNA processing cascade in the eukaryotic ancestor, „BMC Evolutionary Biology”, 7 (Suppl 1), 2007, S13, DOI: 10.1186/1471-2148-7-S1-S13, PMID: 17288571, PMCID: PMC1796607 [dostęp 2019-03-20].
  9. ↑ Jonathan Perreault, Jean-Pierre Perreault, Gilles Boire, Ro-Associated Y RNAs in Metazoans: Evolution and Diversification, „Molecular Biology and Evolution”, 24 (8), 2007, s. 1678–1689, DOI: 10.1093/molbev/msm084, ISSN 1537-1719 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  10. ↑ A.J. Lustig, Crisis intervention: The role of telomerase, „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America”, 96 (7), 1999, s. 3339–3341, DOI: 10.1073/pnas.96.7.3339, ISSN 0027-8424 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  11. ↑ Sabine Brantl, Antisense-RNA regulation and RNA interference, „Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression”, 1575 (1-3), 2002, s. 15–25, DOI: 10.1016/S0167-4781(02)00280-4 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  12. ↑ Sabine Brantl, Regulatory mechanisms employed by cis-encoded antisense RNAs, „Current Opinion in Microbiology”, 10 (2), 2007, s. 102–109, DOI: 10.1016/j.mib.2007.03.012 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  13. ↑ S.J.J. Brouns, M.M. Jore, M. Lundgren, E.R. Westra, R.J.H. Slijkhuis, Small CRISPR RNAs Guide Antiviral Defense in Prokaryotes, „Science”, 321 (5891), 2008, s. 960–964, DOI: 10.1126/science.1159689, ISSN 0036-8075, PMID: 18703739, PMCID: PMC5898235 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  14. ↑ Shi-Lung Lin, Joseph D. Miller, Shao-Yao Ying, Intronic MicroRNA (miRNA), „Journal of Biomedicine and Biotechnology”, 2006, 2006, s. 1–13, DOI: 10.1155/JBB/2006/26818, ISSN 1110-7243, PMID: 17057362, PMCID: PMC1559912 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  15. ↑ Michael D. Horwich, Chengjian Li, Christian Matranga, Vasily Vagin, Gwen Farley, The Drosophila RNA Methyltransferase, DmHen1, Modifies Germline piRNAs and Single-Stranded siRNAs in RISC, „Current Biology”, 17 (14), 2007, s. 1265–1272, DOI: 10.1016/j.cub.2007.06.030 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  16. ↑ Megha Ghildiyal, Phillip D. Zamore, Small silencing RNAs: an expanding universe, „Nature Reviews Genetics”, 10 (2), 2009, s. 94–108, DOI: 10.1038/nrg2504, ISSN 1471-0056, PMID: 19148191, PMCID: PMC2724769 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  17. ↑ Kami Ahmad, Steven Henikoff, Epigenetic Consequences of Nucleosome Dynamics, „Cell”, 111 (3), 2002, s. 281–284, DOI: 10.1016/S0092-8674(02)01081-4 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  18. ↑ Kami Ahmad, Steven Henikoff, Epigenetic Consequences of Nucleosome Dynamics, „Cell”, 111 (3), 2002, s. 281–284, DOI: 10.1016/S0092-8674(02)01081-4 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  19. ↑ Franck Vazquez, Hervé Vaucheret, Ramya Rajagopalan, Christelle Lepers, Virginie Gasciolli, Endogenous trans-Acting siRNAs Regulate the Accumulation of Arabidopsis mRNAs, „Molecular Cell”, 16 (1), 2004, s. 69–79, DOI: 10.1016/j.molcel.2004.09.028 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  20. ↑ Sophie Desset, Nicolas Buchon, Carine Meignin, Michael Coiffet, Chantal Vaury, In Drosophila melanogaster the COM Locus Directs the Somatic Silencing of Two Retrotransposons through both Piwi-Dependent and -Independent Pathways, Jean-Nicolas Volff (red.), „PLoS ONE”, 3 (2), 2008, e1526, DOI: 10.1371/journal.pone.0001526, ISSN 1932-6203, PMID: 18253480, PMCID: PMC2211404 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  21. ↑ W. Li, D. Notani, MG. Rosenfeld. Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives.. „Nat Rev Genet”. 17 (4), s. 207-23, Apr 2016. DOI: 10.1038/nrg.2016.4. PMID: 26948815. 
  22. ↑ J.D. Boeke, The Unusual Phylogenetic Distribution of Retrotransposons: A Hypothesis, „Genome Research”, 13 (9), 2003, s. 1975–1983, DOI: 10.1101/gr.1392003, ISSN 1088-9051, PMID: 12952870 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  23. ↑ Ricardo Flores, Carmen Hernández, A. Emilio Martínez de Alba, José-Antonio Daròs, Francesco Di Serio, Viroids and Viroid-Host Interactions, „Annual Review of Phytopathology”, 43 (1), 2005, s. 117–139, DOI: 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243, ISSN 0066-4286 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  24. ↑ S.C.B. Gopinath, A. Matsugami, M. Katahira, P.K.R. Kumar, Human vault-associated non-coding RNAs bind to mitoxantrone, a chemotherapeutic compound, „Nucleic Acids Research”, 33 (15), 2005, s. 4874–4881, DOI: 10.1093/nar/gki809, ISSN 0305-1048, PMID: 16150923, PMCID: PMC1201340 [dostęp 2019-03-20] (ang.).
  25. ↑ Dawn M. Simon, Steven Zimmerly. A diversity of uncharacterized reverse transcriptases in bacteria. „Nucleic Acids Research”. 36 (22), s. 7219–7229, 2008-11-12. DOI: 10.1093/nar/gkn867. ISSN 1362-4962. PMID: 19004871. (ang.). 

Zobacz też

Kategoria:RNA

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.
Kembali kehalaman sebelumnya