После падения французской империи семья переехала в Баварию, где королём тогда был дед Жозефины Максимилиан I Баварский. 14 ноября1817 году он дал Евгению де Богарне титул Его Королевское Высочество герцог Лейхтенбергский и принц Айхштет, дети же получили титул Их Светлости.
Когда принцессе исполнилось 16 лет, родители решили выдать её замуж за 23-летнего наследного принца Швеции Оскара Бернадота. Через свою мать Амалию она была наследницей шведской династии Ваза. Брак был заключён 22 марта1823 года в Мюнхене. 19 июня в Стокгольме была проведена официальная церемония бракосочетания. С собой в Швецию принцесса привезла значительную часть драгоценностей, принадлежавших её бабке — императрице Жозефине. Эти драгоценности до сих пор принадлежат королевской семье Швеции. Через шесть дней после прибытия, её четвёртое имя Наполеонина было убрано, так как в народной памяти ещё была свежа война с Францией в 1813—1814 годах.
Сначала брак был довольно счастливым. Супруги разделяли любовь к искусству и вообще были похожими личностями. Неверность мужа тщательно скрывали от Жозефины. Но, в конце концов, она узнала о муже. Это сильно ранило её и она никогда больше не чувствовала себя счастливой в Швеции. В 1832 году она писала в своём дневнике, что женщина, которая должна терпеть измены мужа, должна терпеть их молча. От 1835 года началось девятилетнее отчуждение супругов, хотя они продолжали появляться вместе на публике. Отношения наладились в 1844 году, когда Оскар после смерти отца взошел на престол. Он хранил верность жене и между ними снова установилась тесная связь.
Несмотря на то, что она сама была ревностной католичкой, Жозефина согласилась воспитывать детей в лютеранской вере. Она привезла с собой католического священника и регулярно посещала мессу в личной часовне. Папа Римский дал на это своё согласие. Лютеранскийклир была против, но король поддержал супругу. Отличаясь глубокой религиозностью, Жозефина всё же считала, что благотворительность — задача не только церкви, но и государства. В 1837 году на её пожертвования была выстроена церковь для католической конгрегации в Стокгольме, первая со времен Реформации. Были учреждены католические церкви в Гётеборге и Осло.
Herman Lindqvist (2006). Historien om alla Sveriges drottningar (The history of all the queens of Sweden)(Swedish). Norstedts Förlag. ISBN 9113015249.
Lars O. Lagerqvist (1979) (in Swedish). Bernadotternas drottningar (The queens of the Bernadotte dynasty). Albert Bonniers Förlag AB. ISBN 91-0-042916-3.
Lars Elgklou (1978). Bernadotte. Historien - eller historier - om en familj. (Bernadotte. The History - or historys - of a family) Stockholm: Askild & Kärnekull Förlag AB.