Родился 3 сентября 1781 года в Париже. Единственный сын первой жены Наполеона Жозефины де Богарне. Его отец, виконт Александр де Богарне, был генералом революционной армии. В годы Террора его незаслуженно обвинили в предательстве и казнили[3].
1 февраля 1805 года получил титул принца Французской империи, 2 февраля 1805 года — орден Почётного легиона, а 7 июня 1805 года — титул вице-короля Италии.
Е. Богарне стал фактическим правителем Италии (титул короля носил сам Наполеон), когда ему было всего 24 года. Но он сумел управлять страной достаточно твердо: ввёл в действие Гражданский кодекс, реорганизовал армию, обустраивал страну каналами, укреплениями и школами и сумел заслужить любовь и уважение своего народа.
В 1805 году получил большой крест ордена Железной короны и большой крест ордена Святого Губерта Баварского. 23 декабря 1805 года он был назначен главнокомандующим корпусом, блокировавшим Венецию, 3 января 1806 года — главнокомандующим Итальянской армией, а 12 января 1806 года — генерал-губернатором Венеции.
Церемония коронации Итальянского вице-короля, подготовленная графом Луи-Филиппом Сегюром, проходила в Миланском соборе 26 мая 1805 года. Для коронационных одежд были выбраны зелёный и белый цвета. На портретах художники А. Аппиани и Ф. Жерар запечатлели эти роскошные одеяния. Сочетание элегантного покроя и виртуозного исполнения позволяет предположить, что костюм был исполнен в мастерской придворного вышивальщика Пико, который выполнял заказы по изготовлению коронационных костюмов Наполеона I, используя модели, предложенные художником Жан-Батистом Изабе и утверждённые самим императором. На плаще вышиты звезды орденов Почетного легиона и Железной короны. (В качестве семейной реликвии малый коронационный костюм был впоследствии привезён в Россию герцогом Максимилианом Лейхтенбергским; в настоящее время он является частью собраний Эрмитажа в Санкт-Петербурге, выставляется в здании Главного штаба[4]).
В кампанию против Австрии 1809 года он командовал войсками в Италии. Несмотря на неудачный исход битвы при Сачиле (город в Италии) с австрийским войском эрцгерцога Иоанна Габсбурга, Богарне сумел переломить ход военных действий и нанес своему противнику ряд поражений в Италии, а затем в Австрии. Важную для французов победу он одержал в Венгрии в сражении при Раабе (ныне венгерский город Дьер), а затем отличился в решающей битве при Ваграме (ныне селение в Австрии).
В 1813 году после сражения при Лютцене (ныне город в Германии), Богарне по приказу Наполеона был направлен в Италию для организации её защиты от австрийских войск.
После первого отречения Наполеона, Богарне всерьёз рассматривался Александром I в качестве кандидата на французский престол. За отказ от своих итальянских владений получил 5 000 000 франков, которые передал своему тестю — королю Баварии Максимилиану-Иосифу, за что был «помилован» и пожалован титулами ландграфа Лейхтенбергского и князя Айхштетского (по другим данным — купил их в 1817 году).
Дав слово не поддерживать более Наполеона, не принимал участия (в отличие от сестры Гортензии) в его реставрации во время «Ста дней», а в июне 1815 года был пожалован Людовиком XVIII титулом пэра Франции.
До самой смерти жил в своих баварских землях и активного участия в европейских делах не принимал.