Родился в 1799 году в селе Орехи (ныне посёлок Ореховск Оршанского района Витебской области) в семье священника Николаевской церкви Могилёвской губернии, который скончался ещё до рождения сына. Его мать Марфа устроила сына в Оршанское духовное училище.
Во время Отечественной войны 1812 года Николай однажды в лесу встретил военного врача французской армии, который во время беседы выяснил, что юноша свободно владеет латинском языком и, восхищённый познаниями мальчика, написал на лбу своего собеседника по-латыни: «Puer hic maximae spei», что означает «этот ребёнок подаёт большие надежды».
Уже в годы ректорства в центре его богословских и церковно-практических интересов стоит проблема преодоления раскола старообрядчества и христианской проповеди среди языческих народностей России.
8 декабря 1835 года хиротонисан во епископа Вятского и Слободского.
За два года архипастырского служения в Вятской епархии им возвращено в лоно Православной Церкви свыше 6 тысяч старообрядцев, а всего за период своей миссионерской деятельности он обратил в православие до 40 тысяч человек.
С назначением на Иркутскую кафедру миссионерская деятельность Нила достигла огромного размаха, охватив почти всю Сибирь, Дальний Восток, Якутию, Камчатку и Алеутские острова и коснувшись таких народов, как чукчи, камчадалы, нанайцы, коряки, якуты, буряты и другими народностями.
Церковная жизнь русского населения в этой отдаленной окраине также была развита незначительно.
Преосвященный Нил начал с улучшения постановки учебного дела в местной духовной семинарии, потом вызвал многих образованных священников из центральных епархий и наиболее способных из них поставил начальниками новых миссионерских станов. Одновременно он взялся за строительство храмов. За 15 лет им было сооружено более 70 церквей, в том числе в тундре Якутии и в северо-западной части Камчатки.
Среди народов Сибири он больше всего внимания уделил бурятам. Он занимался изучением тибетского буддизма, образа жизни и языка бурят и побуждал к тому своих сотрудников. Он принимал непосредственное участие в подготовке священнослужителей из среды бурят: так, он привлёк к христианскому служению бывшего ламу Николая Дорджеева.
На китайской границе близ Кяхты трудами архиепископа Нила возник Чикайский скит, а в южном предгорье Саянского хребта (в центре бурятских поселений) в 1851 году была создана и приступила к миссионерской работе Нилова пустынь.
Изучив местные языки, Нил с сотрудниками приступил к переводам священных и богослужебных книг.
Несмотря на огромные трудности, к 1854 году в Казани он издал переводы на монгольский языкЕвангелия (частично), Служебника, Часослова, чинопоследований литургии, вечерни, утрени, крещения, обручения, венчания, водоосвящения и молитв ко святому причащению.
В основных местах проживания старообрядцев он создавал православные приходы.
Во время ремонтных работ в Иркутском Богоявленском соборе архиепископом Нилом были открыты и свидетельствованы нетленными мощи святого Софрония Иркутского.
Переводческую и редакторскую деятельность архиепископ Нил продолжал и после перевода его на Ярославскую кафедру.
Уже после отъезда из Иркутска преосвященный Нил закончил большой труд «О буддизме».
В Ярославле главное внимание сосредоточил на подвиге миссионерства.
Здесь он много потрудился над возвращением в лоно Православной Церкви старообрядцев.
Санкт-Петербургский университет высоко ценил научные заслуги архиепископа Нила, избрав его своим почётным членом.
Этому университету он завещал свою редкую по объёму и ценности минералогическую коллекцию.
За несколько лет до кончины преосвященный Нил приготовил себе гроб и могилу и вчерне устроил над ней храм при Ярославском архиерейском доме (в бывшем Спасском монастыре) с правой стороны при церкви Печерской Богоматери. Скончался архиепископ Нил 21 июня 1874 году в Ярославле от воспаления легких. Над его могилой возведён алтарь во имя Нила Столобенского.
Карьера
22 августа 1825 года, по окончании курса духовной академии, пострижен в монашество с именем Нил.
Путевые записки [о путешествии по Сибири]: в 2 ч. — Ярославль, 1874. См. также: Чтения в Обществе любителей духовного просвещения. — М. — Сергиев Посад, 1863—1894; 1891, август-сентябрь, с. 383—385. ч.1Архивная копия от 1 февраля 2022 на Wayback Machine, ч 2.Архивная копия от 1 февраля 2022 на Wayback Machine
Замечания на перевод Евангелия от Матфея на монгольский язык в 1867 г. (рукопись Синодального архива № 2129).
Повесть Н. С. Лескова «На краю света» (1875) основана на подлинном случае миссионерской деятельности архиепископа Нила. (Ранняя рукописная редакция «Темняк».)
Карпук Д. А. Архиепископ Нил (Исакович) (1799-1874): геолог, минералог, палеонтолог и богослов. — Санкт-Петербург: Изд-во СПбПДА, 2015. — 150 с. — (Академия для всех). — 1500 экз. — ISBN 978-5-906627-16-2.
Карпук Д. А. Особенности миссионерского служения архиепископа Нила (Исаковича) в Иркутской епархии (1838—1853) // Бюллетень Центра этнорелигиозных исследований. — Санкт-Петербург, 2016. — С. 72—98.
Крючкова Т. А. Аннотированный перечень документов личного собрания архиепископа нила (Исаковича) из Государственного архива Ярославской области // Обзор документов личного собрания архиепископа Нила (Н. Ф. Исаковича) из Государственного архива Ярославской области. — 2-е издание, исправленное и дополненное. — Иркутск : Государственное бюджетное учреждение культуры Иркутская областная государственная универсальная научная библиотека им. И. И. Молчанова-Сибирского, 2019. — С. 25—83.