24 октября 1842 года определен инспектором Орловской духовной семинарии. 20 апреля 1844 года назначен ректором Орловской духовной семинарии, а 20 мая возведен в сан архимандрита.
Будучи епископом Томским, он познакомился с методами работы Алтайской духовной миссии и впоследствии создал две раздельные миссии в Иркутской епархии — Иркутскую и Забайкальскую (1862). В период управления Иркутской епархией владыка Парфений совершил около 8 тысяч крещений среди бурят и отчасти якутов.
Парфений Попов скончался 21 января 1873 года и был с почестями погребён в усыпальнице соборного Вознесенского храма Вознесенского монастыря в Иркутске.
Литература
Здр.Парфений (Попов) // Русский биографический словарь : в 25 томах / Под наблюдением председателя Императорского Русского Исторического Общества А. А. Половцева. — СПб., 1902. — Т. 13: Павел преподобный — Петр (Илейка). — С. 328—329.
Список разбит по векам исходя из даты начала епископства. Курсивом выделены временно управляющие. Подчёркиванием выделен викарный епископ Томский до восстановления самостоятельной Томской епархии.