Родился в Москве. Отец — генерал-майор авиации Алексей Никифорович Рапота (1922—2020), кандидат военных наук, доцент, мать Татьяна Степановна — педагог по образованию, но из-за постоянных переездов по службе мужа ей пришлось работать не только в школе, но и библиотекарем, и в сберкассе.
С 1966 по 1990 год работал в Первом главном управлении КГБ (внешняя разведка), был в длительных командировках в США, Швеции и Финляндии, в период 1990—1994 — заместитель начальника, начальник отдела ПГУ. С 1994 по 1998 год занимал должность заместителя директора Службы внешней разведки России, курировал партнёрские связи с иностранными спецслужбами.
В период с апреля по ноябрь 1998 года — заместитель секретаря Совета Безопасности России, с ноября 1998 по сентябрь 1999 — генеральный директор госкомпании «Росвооружение». С сентября 1999 года по май 2000 — первый заместитель министра торговли России, занимался военно-техническим сотрудничеством. В период с июня 2000 по октябрь 2001 года — первый заместитель министра науки, промышленности и технологий. С октября 2001 по октябрь 2007 — генеральный секретарь Евразийского экономического сообщества. На посту гендиректора «Рособоронэкспорта» в значительной мере повлиял на контракт на поставку систем Тор-М1 в Грецию, члена НАТО, что оценивается как существенный вклад в борьбу с американской монополией поставку оружия в Европе. Греция — единственное государство НАТО, у которого вся система ПВО страны и вооруженных сил состоит только из российских комплексов противовоздушной и противоракетной обороны.[6]
Жена с начала 1990-х годов — Татьяна Викторовна Самолис, журналист, с 1974 по 1991 год работала в газете «Правда», затем более 10 лет — пресс-секретарём Службы внешней разведки России.
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (5 февраля 2014) — за большой вклад в укрепление и развитие Союзного государства и расширение российско-белорусского сотрудничества[22]
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (26 декабря 2011) — за большой вклад в укрепление российской государственности и многолетнюю добросовестную работу[23]
Орден Почёта (30 июня 2005) — за большой вклад в развитие сотрудничества Российской Федерации с государствами — членами Евразийского экономического сообщества[24]
Орден Дружбы народов (8 декабря 2009, Белоруссия) — за значительный вклад в союзное строительство, укрепление дружеских отношений, единство народов Беларуси и России[25][26][27]
Орден Почёта (16 февраля 2021, Белоруссия) — за значительный личный вклад в развитие интеграционного взаимодействия, союзное строительство, укрепление дружеских отношений и единство народов Беларуси и России[28]
Орден «Достык» II степени (15 января 2004, Казахстан) — за значительный вклад в работу по углублению интеграционного взаимодействия и укреплению сотрудничества между странами-членами ЕврАзЭС[29][30]
Почётная грамота Правительства Российской Федерации (22 января 2004) — за плодотворную работу по укреплению сотрудничества между государствами — членами Евразийского экономического сообщества и многолетний добросовестный труд[33]
Почётная грамота Кыргызской Республики (3 февраля 2004, Кыргызстан) — за плодотворную деятельность в укреплении сотрудничества между государствами-членами Евразийского Экономического сообщества, развитии интеграционных процессов наградить Почетной грамотой Кыргызской Республики[34]