Команда основана в 1958 году на базе команды «Буревестник». Ранее называлась «Авангард». Под нынешним названием «Таврия» выступает с 1963 года. Первый матч «Таврия» провела 20 апреля 1958 года против «Химика» из Ярославля (0:0).
В 1980 году команда победила в Первой лиге СССР и вышла в Высшую лигу. В Высшей лиге 1981 года «Таврия» заняла 17 место, обогнав только «Пахтакор» и вылетела в Первую лигу.
В сезоне 1986/87 «Таврия» дошла до полуфинала Кубка СССР (рекорд для участников второй лиги), где проиграла минскому «Динамо» (0:2).
Последний матч в рамках чемпионата СССР состоялся 8 ноября 1991 года в Екатеринбурге с «Уралмашем» (2:6).
После того, когда клуб стал чемпионом, команда получила право участвовать в Лиге чемпионов, сначала «Таврия» победила ирландский «Шелбурн» (0:0, 2:1), а в 1 раунде проиграла швейцарскому «Сьону» (1:4, 1:3).
Летом 2006 года команду покинули целый ряд игроков, среди которых можно выделить — Чижевского, Жуниора, Литовченко, Корнева, Головко и Старгородского, а на их место Фоменко пригласил Голайдо, Василяускаса, Омоко, Зельмикаса и Любеновича[3][4][5]. В эфире телепередачи «Футбольный уик-энд», один из руководителей «Таврии» рассказал о сенсационной сделке с Диего Тристаном. «Мне прислали данные о Тристане, защищавшего цвета сборной Испании, его трансферная цена 490 000 долларов. Однако, мы думаем, почему этот игрок стоит столь дешёво, видимо, пребывает не в лучшей форме. Да и хочет он получать 350 тысяч евро, это для нас непосильная сумма». Естественно, сделка не состоялась.
По итогам первой половины сезона 2006/07 «Таврия» дошла до полуфинала Кубка, в четвертьфинале обыграв днепродзержинскую «Сталь» (5:1). В полуфинале «Таврия» уступила донецкому «Шахтёру» (0:0 и 2:2 за счёт гола на выезде).
В декабре 2006 года с главным тренером Михаилом Фоменко был продлён контракт, а также был уволен спортивный директор Рувим Аронов[6]. В январе 2007 года на просмотре в «Таврии» находилось около 50 человек[7][8]. Также клуб подписал нигерийского нападающего Лаки Идахора[9]. 13 мая 2007 года в матче против запорожского «Металлурга» (5:1)[10] Идахор оформил хет-трик. В сезоне 2006/07 настоящим открытием стал Владимир Гоменюк, став лучшим бомбардиром команды забил 8 мячей, «Таврия» в этом сезоне заняла достойное 5-е место[11].
16 мая 2010 года «Таврия» впервые стала обладателем Кубка Украины, обыграв в финале в дополнительное время «Металлург» из Донецка. 4 июля 2010 года в матче за Суперкубок Украины «Таврия» встречалась с донецким «Шахтёром», в итоге «горняки» выиграли с разгромным счётом (7:1), единственный гол за «Таврию» забил Максим Фещук.
В начале сезона 2012/13ФИФА наложила на клуб запрет на трансферную деятельность. Такое решение было принято по мотивам дела Абдулвахида Афолаби. ФИФА, рассмотрев его, обязала симферопольцев выплатить денежную компенсацию футболисту, а также наложила санкции на клуб — запрет на регистрацию футболистов в течение следующих двух трансферных периодов. В октябре был на просмотре 24-летний бельгийский защитник Энтони Ванден Борре, который подписал контракт с «Таврией», рассчитанный до конца сезона. Однако, из-за недостаточной зарплаты, ему пришлось покинуть клуб через несколько недель. «Таврия» заняла 11-е место в Премьер-Лиге.
В сезоне 2013/14 новым тренером «Таврии» был назначен Яннис Христопулос. В стартовом матче сезона «Таврия» потерпела домашнее поражение от луганской «Зари» со счётом 0:2. Дубль оформил полузащитник сборной Украины, Дмитрий Хомченовский. Экс-игрок «Черноморца» Лучан Бурдужан 8 ноября 2013 года подписал контракт с клубом. Румын стал первым новичком после отмены трансферного запрета, который был наложен на крымчан УЕФА. К концу первого полугодия исправить положение клуба ему в начале сезона удавалось, но руководство клуба не было довольно результатом, поскольку «Таврия» находилась в зоне вылета.
Со второй половины сезона тренером «Таврии» стал Николай Костов, который ранее тренировал украинские команды. Главным приобретением этого межсезонья считался игрок сборной Македонии защитник Бобан Грнчаров.
В 30-м туре национального первенства «Таврия» проиграла на своём поле мариупольскому «Ильичёвцу» со счётом 0:3, после чего осталась на 15-м месте. Тем самым, вместе с клубом «Арсенал», снявшимся с чемпионата из-за финансовых проблем, «Таврия» покинула ряды участников УПЛ для участия в первой футбольной лиге Украины[12]. В связи с аннексией Крыма Россией клуб прекратил своё существование[13].
С 2016 года
В сентябре 2015 года президент Федерации футбола Украины Андрей Павелко объявил о начале возрождения «Таврии» в Херсоне. По словам Павелко, данное решение было оговорено с УЕФА, чтобы «Таврия» могла представлять Украину в еврокубках[14]. Для «Таврии» в Херсоне планировалось строительство стадиона по программе УЕФА «Хет-трик»[15]. Была сформирована инициативная группа по возрождению «Таврии», которую возглавил Сергей Куницын[16].
В связи со сложностями в поисках инвестора и выделения земли под строительство стадиона в Херсоне, инициативная группа по возрождению «Таврии» выбрала местом для базирования клуба город Берислав, где уже была необходимая для клуба инфраструктура. Было объявлено о создании рабочей группы, которая в итоге составила бюджет клуба для участия в любительском чемпионате Украины, а также занялась поиском футболистов и персонала[17]. 27 августа 2016 года в Бериславе прошло учредительное собрание Федерации футбола Крыма, на котором рассматривался вопрос о возобновлении деятельности футбольного клуба «Таврия» (Симферополь)[18].
Летом 2017 года «Таврия» получила профессиональный статус и в сезоне 2017/18 выступала в группе «Б» Второй лиги Украины. В финальном 33-м туре «Таврия» одержала рекордную для клуба победу, разгромив запорожский «Металлург» со счётом 9:0[20]. По результатам сезона «Таврия» заняла 4-е место в группе, уступив команде «Энергия», расположившейся на третьей ступеньке таблицы, из-за худшей разницы забитых и пропущенных мячей. Летом 2020 года клуб объединился с выступавшей в любительском чемпионате Украины «Таврией» из посёлка Новотроицкое[21].
5 марта 2021 года симферопольская «Таврия» стала победителем 5-го Открытого Кубка Ассоциации футбола АР Крым и г. Севастополь, который проходил в Новой Каховке[22].
Гимн был написан Валерием Малышевым, летом 2005 года[23]. Сам Малышев является болельщиком киевского «Динамо»[23]. Ещё 1998 году был написан гимн в честь 40-летия клуба, его исполнял Юрий Богатиков[23].
До 2014 года футбольный клуб «Таврия» выступал на республиканском спортивном комплексе «Локомотив», расположенном по адресу: г. Симферополь, ул. Пушкина, 46. Стадион построен в 1967 году и реконструирован в 2004 году. Вместимость стадиона после реконструкции — чуть менее 20 000 зрителей.
В феврале 2010 года президентом клуба Сергеем Куницыным было сообщено, что в Симферополе будет построен новый стадион[24].