Эдуард Уимпер родился в семье гравёра Джосии Вуда Уимпера и Элизабет Кларидж. Он был вторым из одиннадцати детей. Его старший брат Фредерик Уимпер был художником и исследователем. С ранних лет учился гравированию у своего отца.
В 1865 году стал первовосходителем на вершину горы Маттерхорн (Пеннинские Альпы). При спуске четверо членов его отряда погибли.