Первый матч под руководством нового президента команда провела 3 июня 2019 года в рамках Кубка Санкт-Петербурга против «Алгоритма» (потерпев поражение со счётом 4:6)[2]. Называлась команда «Маштех-Ядро». На зимнее первенство города клуб заявился уже под названием «Ядро»[3].
По итогам дебютного сезона ФК «Ядро» стал бронзовым призёром Чемпионата Санкт-Петербурга среди мужских команд и завоевал Кубок Санкт-Петербурга, обыграв в финале команду «Динамо» со счётом 1:0[5].
ФК «Ядро» с Кубком Санкт-Петербурга
2021
В XXII турнире МРО «Северо-Запад» на призы Полномочного представителя Президента России в Северо-Западном Федеральном округе «Ядро» взяло серебро[6]. В первом туре ядерные обыграли «Алмаз-Антей» со счётом 5:0, во втором сыграли вничью со «Звездой» (1:1), в третьем — уверенная победа над ФК «Константиновское» (4:0), в четвёртом — победа над «Динамо» со счётом 3:1. В завершающем матче против «Пскова» ФК «Ядро» потерпел поражение со счётом 1:3[7][8].
14 июля ФК «Ядро» дебютировал в Бетсити Кубке России по футболу — первом профессиональном турнире для команды. В 1/256 финала «Ядро» проиграло «Звезде» со счётом 0:2[9].
25 сентября, обыграв в решающем матче команду «Алмаз-Антей» Санкт-Петербург (2:1), ФК «Ядро» стал победителем первенства МРО «Северо-Запад» в III дивизионе[10]. Ночью после матча скончался Сергей Герасимец[11]. 27 сентября 2021 года временно исполняющим обязанности главного тренера основного состава «Ядра» был назначен Семён Мельников.
В сезоне 2021 ФК «Ядро» выступил в числе участников Высшей лиги Чемпионата Санкт-Петербурга. Все 18 матчей турнира команда прошла без поражений. 15 октября, в заключительном туре сезона, обыграв со счётом 2:0 команду «Максима», ФК «Ядро» впервые в своей истории завоевал титул чемпиона Санкт-Петербурга[12].
13 ноября главным тренером футбольного клуба «Ядро» назначен Александр Горшков, Заслуженный мастер спорта России, чемпион России, обладатель национального Кубка, Кубка УЕФА и Суперкубка Европы. Семён Мельников вошёл в тренерский штаб Александра Горшкова, сохранив пост главного тренера «Ядро»-м[13][14][15].
2022
7 мая команда обыграла в матче за Суперкубок Санкт-Петербурга «Динамо-Центр» со счётом 3:0[16]. Двумя месяцами ранее было выиграно зимнее первенство Санкт-Петербурга[17][18], а в феврале «Ядро» заняло 3-е место на XXIII турнире МРО «Северо-Запад» на призы Полномочного представителя Президента России в Северо-Западном Федеральном округе[19]. Весной ФК «Ядро» Санкт-Петербург проходил лицензирование для участия в ФНЛ-2 в сезоне 2022/23[20]. 23 мая клуб получил лицензию[21][22][23][24][25].
28 сентября 2022, за тур до завершения Чемпионата Санкт-Петербурга, обыграв со счётом 3:0 команду СПбПУ, ФК «Ядро» досрочно стал двукратным чемпионом Санкт-Петербурга.
8 октября 2022, одолев в финале Кубка Санкт-Петербурга команду «ЧиЛогик» со счётом 2:1, ФК «Ядро» второй раз в своей истории стал обладателем Кубка города.
28 ноября клуб расторг контракт с главным тренером Александром Горшковым.
6 декабря «Ядро» объявило о назначении на пост главного тренера Александра Куртеяна. На сезон 2023 года в дивизион «Б» Второй лиги клуб не стал заявляться.
В ноябре 2020 года ФК «Ядро» объявил о создании молодёжной команды. Главным тренером молодёжки стал Семён Мельников, тренером — Герман Пятников. Команда заняла 4 место в Vll весеннем турнире МРО «Северо-Запад» U-21[26]. В Первенстве Санкт-Петербурга среди молодёжных команд сезона 2021 года заняла 2-е место в первой лиге[27]. В рамках VIII весеннего турнира МРО «Северо-Запад» в марте 2022 ядерная молодёжка финишировала второй.
В августе 2021 года центральный защитник молодёжной команды Артём Маленьких заключил свой первый профессиональный контракт и попробовал свои силы в «Зените - 2».
Молодёжная команда ФК «Ядро»
Вторая (городская) команда
После дебюта главной команды во Второй лиге, в чемпионате Санкт-Петербурга продолжила играть вторая команда клуба[28], все основные игроки перешли в команду Второй лиги[28]. Таким образом, была выстроена вертикаль «Ядро»-М — «Ядро»-2 — «Ядро», где дубль и молодёжка участвуют в городских соревнованиях[29]. Тренером городской команды стал Павел Зубов, первым матчем была игра с «Динамо-Центр» (1:1), состоявшаяся 22 июля 2022 года[28][30]. По итогам сезона 2022 команда выиграла чемпионат и кубок Санкт-Петербурга[29].
Футбольная школа
В декабре 2020 года ФК «Ядро» и ДЮСШ «Локомотив» (Санкт-Петербург) договорились о сотрудничестве. Стадион «Балтика», принадлежащий ДЮСШ «Локомотив», стал местом базирования молодёжной команды «Ядра»[31].
Клубная форма
Фирменные цвета клуба: зелёный, чёрный, золотой.
Основная форма зелёная, гостевая — чёрно-золотая.
Спонсоры
Владельцем и спонсором клуба является группа компаний «Ядро» (руководитель — Алексей Крюков), деятельность которой связана с благоустройством и озеленением территорий, строительством и ландшафтным дизайном. Крюков декларирует намерения сделать из ФК «Ядро» «самый зеленый и самый экологичный футбольный клуб в России»[33][34].
YouTube-канал
У клуба есть канал «Ядро ТВ» на Youtube, где матчи комментирует Владимир Столяров[35].
Маскот Маскот клуба был представлен на матче «Ядро» — «Электрон» (Великий Новгород), прошедшем на стадионе Nova Arena 30 октября 2022 года. Им стал бигль по кличке Баджо. Прообразом маскота стал щенок породы бигль, появившийся 2,5 года тому назад у Алексея Крюкова, названный хозяином в честь Роберто Баджо[36][37].