У вересні 1994 року на півдні Афганістану зародився рух повстанців, який згодом отримав назву Талібан (пуштуطالبان, «студенти»). Незабаром рух Мухаммеда Омара узяв під свій контроль 12 з 34 провінцій Афганістану. У лютому 1995 року Талібан, захопивши Газні та провінцію Вардак, підступив до Кабула. 27 вересня1996 року Талібан, контролюючи вже значні території західного, південного та східного Афганістану, здобув Кабул і проголосив про створення Ісламського Емірату Афганістан.
На території контрольованих ними районах, таліби нав'язували своє фундаменталістськетлумачення ісламу, видаючи постанови, що забороняли жінкам працювати поза домом, відвідувати школу або залишати свої будинки, якщо їх не супроводжував родич чоловіків.
Поступово протистояння між сторонами, що воювали, ставало все кривавішим. Після взяття Мазарі-Шаріфа і Баміана таліби почали масові розстріли узбеків і газарейців. За даними ООН, у період з 1996 до 2001 року Талібан провів щонайменше 15 масових страт, вбиваючи тисячами мирних мешканців, у першу чергу газарейців-шиїтів.
До кінця 1998 року під контролем Талібану опинилося 90 % території Афганістану, Північний альянс контролював лише одну провінцію.
Coll, Steve (2004). Ghost Wars: The Secret History of the CIA, Afghanistan, and Bin Laden, from the Soviet Invasion to September 10, 2001. Penguin Group, London, New York etc. ISBN 0-141-02080-6.
Nojumi, Neamatollah (2002). The Rise of the Taliban in Afghanistan: Mass Mobilization, Civil War, and the Future of the Region. New York: Palgrave Macmillan. ISBN 978-0-312-29584-4.
Saikal, Amin (2004). Modern Afghanistan: A History of Struggle and Survival. I.B.Tauris. ISBN 978-0-85771-478-7.