Учасник космічного польоту Грегорі Олсен проводив на МКС дослідження та експерименти протягом 10 діб і повернувся на Землю разом із екіпажем МКС-11 на кораблі «Союз ТМА-6». Грегорі Олсен — третій космічний турист, який оплатив свою космічну подорож із власних коштів (приблизно 20 мільйонівдоларів США).
Основний екіпаж МКС-12 проводив різні наукові дослідження та експерименти, підтримував МКС у робочому стані, здійснив два виходи у відкритий космос, прийняв та розвантажив три вантажні космічні кораблі «Прогрес». Один вихід у відкритий космос здійснено з російського модуля «Пірс» у російських скафандрах, другий з американського модуля «Квест» в американських скафандрах.
Заплановане прибуття на станцію американського шатла«Діскавері» STS-121 у 2005 році не відбулося. Через проблеми з тепловою ізоляцією зовнішнього паливного бака, що відшаровується, його політ був перенесений на липень 2006 року.
Екіпаж МКС-12 повернувся на Землю 9 квітня 2006 року, разом із ним на Землю повернувся і Маркос Понтес. «Союз ТМА-7» з космонавтами Токарєвим, Макартуром і Понтесом на борту здійснив посадку 9 квітня о 03:47 МСК за 54 км на північний схід від міста Аркалик у Казахстані.