17世紀,與西葡聯邦打八十年獨立戰爭的荷蘭共和國抵達東亞。1618年,菲律賓總督派遣道明會神父馬蒂涅(Bartolmé Martinez)去警告明朝當局小心荷蘭人截擊開往馬尼拉的中國商船,他在旅途中兩次躲到臺灣西南平原避難,並根據此一經驗指出西班牙應將此島併入帝國中,返菲後他在1619年的備忘錄中建議當局占領福爾摩沙島一個叫北港(Pacan)的港口。[1]:164[2]:881624年,荷蘭於大員(今臺南)落腳時,同時也在封鎖馬尼拉的貿易。[1]:1651625年,西班牙菲律賓總督施爾瓦(西班牙语:Fernándo de Silva)(Fernándo de Silva)決定在艾爾摩沙島設立據點。1626年2月,西班牙出軍北征。[1]:165
1626年,菲律賓總督命令伐爾得斯(Antonio Carreño de Valdes)率領大划船隊及300人進攻臺灣。[2]:88[3]:47由於荷蘭已統治南臺灣,所以伐爾得斯的艦隊5月5日自菲律賓出發,即沿著臺灣東海岸北上。5月11日先到三貂角,[3]:47-485月12日進入雞籠港,命名為「Santisima Trinidad」(意為「至聖三位一體」)。[3]:48西班牙人於雞籠灣內的小島(今和平島)登陸。[1]:1695月16日在社寮島舉行占領典禮。[2]:88[3]:48將臺灣北部納入西屬東印度群島。
由於西班牙人想引誘漢人及日本人來北臺灣從事交易活動,使雞籠和淡水成為國際貿易中心的目的,一直沒有實現。到日本傳教的機會也同樣遙遙無期。所以西班牙人對臺灣興趣漸趨低落,使殖民政策改往重視經營菲律賓。1637年6月,塞巴斯提安·巫它度·德·哥爾奎拉(英语:Sebastián Hurtado de Corcuera)就任菲律賓總督,面臨菲律賓南部穆斯林對西班牙的反抗,極需兵力支援。為了減少開支,削減北台灣的軍力,1938年拆除淡水的聖多明哥城。到1640年雞籠守軍僅餘400人。[3]:50引起荷蘭人的覬覦。
1895年(清光緒二十一年、日明治二十八年)4月,《馬關條約》簽訂,臺灣改隸於日本。西班牙對遠東不曾干涉,然當時西班牙統治菲律賓,與臺灣僅一水之遙,故深懼日人趁機進占菲島,議會曾出現質疑國家是否能保有呂宋。日本亦知懷懼所在,在剛佔領臺北、尚未佔領全臺時,即由臨時代理外務大臣西園寺公望與西班牙駐日全權公使加尼沃(José de la Rica y Calvo)於東京談判。[7]:3208月,日本與西班牙兩帝國對巴士海峽協議版圖界線。以通過可以航行之海面中央之緯度的平行線,為臺灣、菲律賓之版圖境界線。[8]:541[7]:321