La Kožená è nata a Brno in Moravia meridionale. Suo padre è un matematico e la madre una biologa. Il suo desiderio iniziale era quello di essere una pianista, ma dopo la rottura della mano all'età di sei anni ha incominciato a cantare, a partire dal Kantiléna, il Coro di Bambini e della Gioventù della Brno Philharmonic. Dal 1987 al 1991 ha studiato canto e pianoforte al Conservatorio di Brno e dal 1991 al il Collegio di Arti Sceniche di Bratislava laureandosi nel 1995. Nel 1995 ha vinto il premio al Concorso Internazionale Mozart.
Nel 1998 ha interpretato Idamante in Idomeneo per l'Opera delle Fiandre diretta da Marc Minkowski.
Carriera
Registrazioni
La prima incisione della Kožená consisteva in arie di Bach registrate nella Repubblica ceca. Dopo averle ascoltate, la Deutsche Grammophon (DG) le ha fatto firmare un contratto. Le successive incisioni sono state i mottetti romani, le cantate italiane ed il Messiah di Händel con Marc Minkowski per la DG/Archiv ed il suo primo recital solistico su disco (Antonín Dvořák, Leoš Janáček e Martinů con Graham Johnson - Gramophone Vocal Solo Award, 2001) per la Deutsche Grammophon. Altre registrazioni comprendono recital di arie di Mozart, Christoph Willibald Gluck e Josef Mysliveček (con la Philharmonia di Praga e Michel Swierczewski), arie francesi con la Mahler Chamber Orchestra diretta da Minkoswski, Paride ed Elena di Gluck con la direzione orchestrale di Paul McCreesh, un recital con Malcolm Martineau ed un acclamato disco di cantate della famiglia Bach ("Lamento") con i Musica Antiqua Köln e Reinhard Goebel. Lei è la Gramophone Awards Artista dell'anno 2004. Tra le sue ultime registrazioni ci sono un disco con arie d'opera di Handel e uno con arie d'opera di Antonio Vivaldi, con l'Orchestra Barocca di Venezia diretta da Andrea Marcon per la DG/Archiv.
Concerti, opere e recital
La Kožená appare regolarmente presso il Praga Spring ed ai Concentus Moraviae Festival. Ha tenuto recital a Londra, alla Schubertiade Schwarzenberg, a Bruxelles, Parigi, Amburgo, Amsterdam, Monaco di Baviera, Praga, Tokyo, Yokohama e Sapporo, Carnegie Hall, a San Francisco ed a Londra, Bruxelles, Lisbona, Vienna, Copenaghen, Amsterdam, Amburgo e Praga.
Torna al Festival di Salisburgo nel 2006 per Idamante in Idomeneo con Ramón Vargas e tiene un recital accompagnata dal pianista Martineau, nel 2009 tiene un recital di Lied con Mitsuko Uchida e nel 2012 è Carmen con Jonas Kaufmann ed i Wiener Philharmoniker diretta da Rattle e tiene un recital di Lied con l'organista Christian Schmitt.
Nel 2010 è Mélisande in Pelléas et Mélisande diretta da Rattle nel debutto del marito al Metropolitan.
Nel 2011 tiene un recital con Yefim Bronfman all'Usher Hall dell'Edinburgh International Festival ed è Lazuli ne L'étoile di Emmanuel Chabrier diretta da Rattle allo Staatsoper im Schiller Theater di Berlino.
2001 Czech Crystal Award, il Golden Prague Festival Internazionale della Televisione - Miglior registrazione di un concerto o di palcoscenico (opera, operetta, balletto, danza, musica), Magdalena Kožená e Thierry Gregoire, Česká televize, Studio televisivo di Brno, Repubblica Ceca
2003 titolo di Cavaliere dell'Ordine delle Arti e delle Lettere dal Governo Francese
La Kožená una volta era sposata con il baritono francese Vincent Le Texier. Il suo primo matrimonio finì dopo aver iniziato una relazione con il direttore d'orchestra Sir Simon Rattle. Nel marzo del 2005, ha dato alla luce il loro primo figlio, Jonas. Nel 2008 la coppia ha avuto un altro figlio di nome Milo. Si sono sposati nel mese di ottobre 2008 nella sua città natale di Brno.
Handel, Italian Cantatas - Les Musiciens du Louvre/Magdalena Kozená/Marc Minkowski, 2000 Deutsche Grammophon
Mahler: Des Knaben Wunderhorn - Adagio from Symphony No. 10 - Pierre Boulez/Christian Gerhaher/Cleveland Orchestra/Magdalena Kozená, 2010 Deutsche Grammophon