Перед Второй мировой войной основной командой города Ботошани был «Венус». После окончания войны команда была последовательно названа «Фламура Рози», «Текстиля» и «Униря», играла в основном в региональном чемпионате и третьем дивизионе (Дивизия C) без значительных успехов. В 1973 году команда была переименована в «КС Ботошани». В сезоне 1974/75 она выиграла Дивизию C и впервые вышла в Дивизию B, но сразу вылетела. Команда снова играла в Дивизии В в сезоне 1977/78, но снова вылетела.[2]
Летом 1979 года «КС Ботошани» в третий раз вышел в Дивизию B, а в конце сезона 1979/80 они заняли наивысшее 3-е место в своей истории, что до этого ранее не удавалось ни одной футбольной команде из Ботошани. После команда занимала места в середине таблицы, а в конце 80-х годов чуть не вылетела.
Николае Добрин завершил свою карьеру в «КС Ботошани». Он играл за команду в сезоне 1985/86, а также был её тренером.[3]
«КС Ботошани» играл в Дивизии B 11 лет подряд, это наибольшее количество сезонов, проведённых футбольной командой из Ботошани. После этого, в конце сезона 1989/90, команда вылетела в Дивизию С. В 1993 году команда была переведена в региональный чемпионат и расформирована.[2]
Была также команда «Униря Ботошани», которая играла с 1998 по 2000 годы. Она объединилась с «Политехникой Яссы», которая играла в Дивизии С под названием «Поли Униря Яссы».[2]
Основание и первые годы (2001–2013)
Новый футбольный клуб «Ботошани» был основан в 2001 году при поддержке местного совета и начал играть в Дивизии С. В сезоне 2003/04 «Ботошани» выиграл Дивизию С и вышел в Дивизию B.[2]
В 2005 году президент Административного совета Валериу Ифтиме принял на себя основные проекты клуба по французской модели. Поэтому первая команда играла в Дивизии B, а вторая команда, сформированная из молодёжи играла в третьей лиге. Также в клубе есть центр для детей и юношей, которые готовятся в будущем для первой команды.[2]
«Ботошани» играл во втором дивизионе румынского футбола в течение девяти сезонов подряд. В сезоне 2005/06 финишировал на 4-м месте. В сезоне 2012/13 клуб одержал победу в Лиге II и вышел в Лигу I, став первым в истории представителем жудецаБотошани в высшем футбольном дивизионе Румынии.[4]
Выход в Лигу I и новейшая история (с 2013 года)
Основной задачей команды на сезон 2013/14 было избежать вылета. В начале сезона «Ботошани» была единственной командой лиги, в которой играли только румынские футболисты. 21 июля 2013 года в дебютном матче в Лиге I «Ботошани» сыграл вничью с «ЧФР Клуж» 0:0, с восемью новичками на высшем уровне в стартовом составе и большую часть матча играли вдесятером, поскольку Киприан Дину получил красную карточку на девятой минуте матча.[5] В следующем туре 26 июля «Ботошани» одержал первую победу в Лиге I в гостях над «Газ Метаном» со счетом 2:1.[6] 25 августа «Ботошани» победил «Васлуй» 1:0 и одержал свою первую домашнюю победу на высшем уровне. Однако после этого «Ботошани» провёл плохой игровой отрезок, занимая 12-е место в двух очках от зоны вылета и тренер Кристиан Попович был уволен. Новым тренером был назначен Леонтин Грозаву и в итоге команда заняла 8-е место избежав вылета.[7]
«Ботошани» начал следующий сезон с двух важных побед над «Астрой» и «Динамо Бухарест», командами которые боролись за чемпионский титул. В конце сезона «Ботошани» снова финишировал на 8-м месте, однако получил право впервые сыграть в Лиге Европы, так как четыре расположившихся выше него команд не получили лицензию УЕФА.[8]
2 июля 2015 года «Ботошани» дебютировал в европейских соревнованиях в первом отборочном раунде Лиге Европы 2015/16 против «Спартака-Цхинвали» 1:1 в первом матче в Ботошани. Во втором матче в Грузии «Ботошани» одержал свою первую европейскую победу со счетом 3:1. Во втором отборочном раунде «Ботошани» по итогам двух матчей уступил польской «Легии» 0:4.[9]