Клуб был основан в сентябре 1919 года под именем «Societatea Sportivă a Studenţilor Universitari» (Спортивное Общество Студентов Университета). Первым президентом клуба стал профессор Юлию Хатьеджани, известный румынский доктор и политик. В сезоне 1932/33 «Университатя» дебютировала в Дивизии А и сразу заняла второе место, уступив в финале чемпионата клубу «Рипенсия» (3-5 по сумме двух матчей). В своём первом сезоне в Кубке Румынии «Университатя» также дошла до финала, и снова уступила «Рипенсии», но уже со счётом 0-5. В 1940 году команда была вынуждена переехать в Сибиу, из-за того, что по результатам Второго Венского арбитражаВенгрия получила от РумынииСеверную Трансильванию. В 1942 году «Университатя» снова играла в финале Кубка Румынии, но уступила бухарестскому «Рапиду» со счётом 1-7. В 1945, после окончания Второй мировой войны Северная Трансильвания была возвращена Румынии и команда переехала обратно в Клуж. В 1946 году клуб сменил имя на «Ştiinţa Cluj» (Наука Клуж).
В 1949 году команда играла в финале Кубка Румынии, но вновь уступила, на этот раз ЦСКА со счётом 1-2. С 1953 по 1959 год команду тренировал известный тренер Штефан Ковач, который позже с амстердамским «Аяксом» дважды выигрывал Кубок европейских чемпионов. В 1965 году клуб предпринял очередную попытку завоевать Кубок Румынии, на этот раз успешную — со счётом 2-1 в финале был повержен клуб «Динамо» из города Питешти. Этот успех позволить дебютировать в еврокубках, в Кубке обладателей кубков сезона 1965/66. Первым соперником румынской команды был австрийский клуб «Винер Неустадер», который был повержен со счётом 3-0 по сумме двух матчей. Однако уже в следующем раунде румыны были рагромлены мадридским «Атлетико» 0-6 по сумме матчей, и завершили выступления в еврокубковой кампании.
В 1966 году клуб сменил имя обратно на «Университатю». В сезоне 1972/73 команда заняла высшее место после Второй мировой войны — были завоёваны бронзовые медали. Это позволило клубу принять участие в Кубке УЕФА сезона 1972/73. Соперником румынского клуба был болгарский «Левски-Спартак». В первом матче победа со счётом 4-1 осталась за «Университатей», а в ответном матче со счётом 5-1 успех праздновали болгары, и по сумме двух матчей прошли дальше. В 1995 году «Университатя» выступала в Кубке Интертото, но заняла последнее место в группе и не смогла пробиться в Кубок УЕФА. В 1998 году клуб играл в финале Кубка румынской лиги, но уступил клубу «Бакэу». В 1999 году команда вылетела в Дивизию B, а через год, впервые в своей истории в Дивизию С. В сезоне 2009/10 клуб выступал в Лиге II и заняв второе место в Серии II, вышел в Лигу I. По количеству сезонов, проведённых в высшей лиге «Университатя» занимает 4-е место после «Стяуа», «Рапида» и бухарестского «Динамо».
В сезоне 2014/15 «Университатя» покидает Лигу I, а в следующем сезоне Лигу II и переживает банкротство. В сезоне 2016/17 «Университатя» выигрывает Лигу IV в дивизионе «Клуж» и выходит в Лигу III.
В сезоне 2017/18 «Университатя» стала победителем Серии V Лиги III и вышла в Лигу II.
В сезоне 2018/19 «Университатя» занимает 3 место в Лиге II.
Стадион
Первый стадион в Клуж-Напоке был открыт в 1911 году и вмещал всего 1 500 зрителей. В первой игре на стадионе сошлись команда Клужа и стамбульский «Галатасарай». Это была первая игра «Галатасарая» в Европе, и турецкий клуб уступил со счётом 1-8. В 1968 году была проведена капитальная реконструкция стадиона, что позволило увеличить вместимость до 28 000 зрителей. В 2000 году гостевая трибуна была закрыта и вместимость стадиона снизилась до 13 000 мест. В 2008 году старый стадион Йон Мойна был закрыт и разрушен, а на его месте был построен новый, который получил название Клуж Арена. Открытие состоялось 1 октября 2011 года, стадион вмещает 30 201 зрителей.
Бывший домашний стадион «Университати» (1911-2008)