1871年9月12日(旧暦明治4年7月28日)に当時の兵部省にあった陸軍部・海軍部にそれぞれ軍務局が設置されてその下に人事担当の人別掛と総務担当の規定掛が置かれたのが嚆矢である。翌年、兵部省が陸軍省と海軍省に分離された以後も軍務局は設置されていたが、途中一時的に廃止されたり、復置されたりを繰り返していた。1890年代以後、漸くその組織が固まり、1900年の軍部大臣現役武官制導入以後は中将・少将が補される職となり、以後1945年の両省解体まで存続することになる。
陸軍省軍務局
概略
陸軍省が設置された当初は旧兵部省の軍務局を継承していたが、1873年に陸軍省職制及び陸軍省条例が設置された際に、軍務局は歩兵・騎兵を扱う第二局となり、これとは別に通報・軍部・庶務を扱う第一局が新設された。1879年に陸軍職制が制定された際に第一局は総務局に、第二局は人員局に改称された。内閣制度発足直後の1886年に陸軍省官制が制定され、旧軍務局を引く人員局は廃止・解体され、主要部分は騎兵局に、それ以外の職務は総務局に引き継がれた。そして、1890年3月27日の官制改正によって総務局に騎兵・砲兵・工兵の3局が統合されて軍務局が復活した。局長職は当初、陸軍次官の兼職とされたが、1900年以後は原則専任となった。
陸軍省軍務局は編制・動員計画・戒严・軍紀・徴兵・憲兵などを所管し、第一軍事課(のち、軍事課)、第二軍事課(のち、歩兵課)、馬政課(のち、騎兵課)、砲兵事務課(のち、砲兵課)、工兵事務課(のち、工兵課)、獣医課(1893年に廃止、陸軍獸醫學校 (日本)などに継承)が設置されて、大佐・中佐級が任命された。後に、1900年に人事局、1908年に兵器局が設置されて関連部門が移管され、宇垣軍縮に伴う1926年の官制改正の際に整備局が設置されて関連部門が移管されると同時に既存の課の再編成も行われ、軍事・兵務・防備・馬政の4課体制となり、直後に徴募課が設置されて5課体制となった。
局務が大きく変容するのは1936年8月、二・二六事件後の「粛軍」に伴う組織再編からである。陸軍軍備その他一般軍政と予算管理を行う軍事課と、国防政策立案及び帝國議會 (日本)との交渉、国防思想の普及などを扱う新設の軍務課の2課体制となり、徴募課は人事局に移管、他の2課は分離されて兵務局となった。更に1939年以後、軍務課は国防大綱についても管掌するようになり、総動員体制の企画立案に関与するようになった。太平洋戦争末期には物資の生産統制を行う戦備課を設置するとともに、大本営編制並びに勤務令の改正によって軍務局員は全員大本營 (大日本帝國)陸軍参謀部第四部員と兼ねることになり、軍務局長が同部長職を兼任することとなった。
前述のように軍務局は政策及び必要予算の実現を目指して度々政治的活動を行ったが、特に陸軍のそれは顕著であり、局員は「政治将校」と揶揄されることもあった。明治期の2個師団増設問題からその兆候が見られ、滿蒙獨立運動、二・二六事件後の粛軍問題などでも問題視されたにもかかわらず、遂にはそれを恒常的・専門的に担当する「軍務課」の設置に至った。こうしてやがて、陸軍省軍務局の意向を中心とした総動員体制が推進されることになった。
海軍省軍務局
概略
海軍省が設置された当初は旧兵部省の軍務局を継承していたが、中途3度にわたって廃止と再置を繰り返している。すなわち1874年5月19日に廃止され、1876年8月31日復置、1884年2月8日に廃止、1886年1月29日復置、1889年3月7日廃止、1893年5月19日復置となっている。もっとも、1889年の廃止と4年後の復置は実質においては「第一局」への改称と旧称復帰にしか過ぎず(同様に艦政局は第二局、経理局は第三局となる。なお、軍務局復置時に第二局(旧艦政局)は復活されずに軍務局に統合されている)、日本の海軍史においては内閣制度発足に伴う海軍省官制制定に伴う1886年1月29日に設置されたものが1945年まで続いたと解されている。
海軍省軍務局は編制・戒厳・軍紀・教育・海道测量・儀式・海上保安・艦政などを所管した。日俄战争当時は2課定員9名であったが、その後拡大して太平洋战争開戦直前の1940年には4課定員26名となった。1900年以後、課の名称は数字表記で示すことになっており、1940年の例では第一課が編制・戒厳・軍紀・儀式・旗制・服制などを担当し、第二課では国防政策・国際条約の規約など、第三課では機関・艦内工作及び艦船の保存整備、第四課は国防思想の普及を担当した。局長は現役将官とされている。なお、1886年から1889年と1945年2月以後には将官級の次長が設置されていた。
ロンドン海軍軍縮条約を支持した条約派の主要メンバーである左近司政三、堀悌吉、寺島健、井上成美らが軍務局長を務めていたこともあり、軍務局長のポストは条約派と艦隊派、あるいは日米開戦派と反対派の争奪の的になった。