Nelle stagioni successive il rendimento di Eberharter, anche a causa di un infortunio, non si mantenne all'altezza di quei primi successi[2] e non ottenne più alcun risultato di rilievo; debuttò ai Giochi olimpici invernali ad Albertville 1992, dove non completò la prova di combinata, e non prese più parte a rassegne iridate fino a Sierra Nevada 1996, dove comunque non portò a termine la gara di supergigante. Il sostegno della Federazione sciistica dell'Austria non venne comunque mai meno[2] e nella stagione 1996-1997 lo sciatore tirolese tornò al successo in Coppa Europa, aggiudicandosi sia la classifica generale sia quelle di discesa libera e di supergigante[1].
Ai Mondiali di Vail/Beaver Creek 1999 Eberharter si piazzò 5º nella discesa libera, 4º nel supergigante e non completò la prima manche dello slalom gigante, mentre al termine della stagione di Coppa del Mondo, dopo aver ottenuto nove podi con tre vittorie, risultò 2º sia nella classifica di supergigante sia in quella di slalom gigante: nella prima fu superato dal compagno di squadraHermann Maier, che sarebbe stato il suo principale rivale per il resto della sua carriera[2], di 186 punti, mentre nella seconda fu battuto dallo svizzero Michael von Grünigen per 73 punti.
Stagioni 2000-2002
Dopo una stagione 1999-2000 priva di vittorie in Coppa del Mondo (nonostante i sei podi), nel 2001 lo sciatore austriaco incrementò il proprio palmarès conquistando la medaglia d'argento nel supergigante ai Mondiali di Sankt Anton am Arlberg, dove fu anche 7º nella discesa libera. In quella stessa stagione 2000-2001, dopo aver ottenuto otto podi con due vittorie, arrivò 2º sia nella classifica generale di Coppa del Mondo sia in quella di discesa libera, battuto in entrambi i casi da Maier (rispettivamente di 743 e di 14 punti).
Il punto di svolta della carriera di Eberharter fu legato a un fatto estraneo alle gare: nell'agosto 2001 Maier fu coinvolto in un grave incidente in motocicletta e la sua momentanea uscita di scena permise a Eberharter di imporsi al vertice dello sci alpino[2]. Nella stagione 2001-2002 in Coppa del Mondo salì diciassette volte sul podio, vincendo dieci gare tra le quali diverse classiche dello sci alpino: la discesa libera della Saslong in Val Gardena il 15 dicembre, quella della Lauberhorn di Wengen il 12 gennaio, le due prove veloci di Kitzbühel (il supergigante della Streifalm e la discesa libera della Streif) il 18 e il 19 gennaio e il supergigante della Kandahar di Garmisch-Partenkirchen il 27 gennaio; a fine stagione si aggiudicò le sue prime coppe di cristallo, quella generale (con 606 punti di vantaggio sul norvegeseKjetil André Aamodt) e quelle di discesa libera (superando il connazionale Fritz Strobl di 290 punti) e di supergigante (con 44 punti in più dello svizzero Didier Cuche), mentre nella classifica di slalom gigante fu 3º. Il 2002 fu anche l'anno del congedo olimpico dell'atleta austriaco e ai XIX Giochi olimpici invernali di Salt Lake City 2002 conquistò una medaglia in ognuna delle tre gare cui prese parte: l'oro nello slalom gigante, l'argento nel supergigante e il bronzo nella discesa libera.
Stagioni 2003-2004
Anche nella stagione 2002-2003 Eberharter s'impose in diverse classiche della Coppa del Mondo, come le discese libere della Birds of Prey di Beaver Creek il 7 dicembre, della Stelvio di Bormio l'11 gennaio e nuovamente della Lauberhorn di Wengen (17 gennaio) e della Kandahar di Garmisch-Partenkirchen (il 22 febbraio); fu anche al cancelletto di partenza dei Mondiali di Sankt Moritz, sua ultima presenza iridata, dove riuscì a salire di nuovo sul gradino più alto del podio nel supergigante, dodici anni dopo la vittoria di Saalbach-Hinterglemm, mentre si piazzò 5º nella discesa libera e 23º nello slalom gigante. A fine stagione vinse nuovamente le Coppe del Mondo generale (con 233 punti di vantaggio sullo statunitenseBode Miller), di discesa libera (battendo lo statunitense Daron Rahlves di 197 punti) e di supergigante (con 76 punti in più del liechtensteineseMarco Büchel), dopo aver totalizzato tredici podi con nove vittorie.
Chiuse l'attività agonistica nella stagione 2003-2004, andando a podio in Coppa del Mondo altre dodici volte e vincendo quattro gare: tra queste ancora due classiche, le discese libere di Kitzbühel (24 gennaio) e di Garmisch-Partenkirchen (31 gennaio), e l'ultimo successo in carriera, nella discesa libera di Lillehammer Kvitfjell del 6 marzo. Quell'anno vinse la Coppa del Mondo di discesa libera (superando Rahlves di 204 punti), arrivò 3º nella classifica di supergigante e 2º in quella generale, staccato di 42 punti da Maier, tornato competitivo al rientro dal grave infortunio. Si congedò dalla competizioni con l'ultimo podio in Coppa del Mondo, il 2º posto nel supergigante di Sestriere dell'11 marzo.