『ミスター・ロンリー』については、フランク・プゥルセル・グランド・オーケストラの演奏による音源を、オープニングとエンディングで長らく放送してきた。現在は、古沢巌の演奏による『ミスター・ロンリー』をオープニング、溝口肇の演奏による『ミスター・ロンリー』をエンディングで使用。ただし、城が「機長」だった時代の終盤で金曜日の深夜(土曜日の未明)に編成されていた「Midnight Odyssey」(ミッドナイト・オデッセイ)ではテーマソングを変えるとともに、スクリプトを原田が執筆。2019年4月から2020年3月までの金曜深夜(土曜未明)放送分では、「Style yourself, HAWAII Friday」(スタイル・ユアセルフ、ハワイ・フライデー)と題してハワイに関する話題や楽曲を取り上げていた関係で、名渡山遼のアレンジによる『ミスター・ロンリー』をエンディングで流していた[4]。
伊藤は、かつて赴任していたアメリカ合衆国で『Music Till Dawn』(JALと同業のアメリカン航空がスポンサーに付いていたFM局の深夜番組)を毎晩のように聴いていて、日本へ帰任する際には「このような番組を作ってみたい」との夢を持つまでに至っていた。一方の日本では、ラジオ関東(現アール・エフ・ラジオ日本)が1958年から、中波(AM)放送の単営局(当時)ながら『ポート・ジョッキー』(洋楽に特化した音楽番組)を放送。後藤はこの番組の熱心なリスナーで、旅情をかき立てる演出(霧笛の効果音を使用したオープニングなど)に魅了されていた[1]。
やがて後藤は、航空機を利用した「空の旅」の時代が到来することを見越しながら、『ムーンライト・ハーモニー』という音楽番組を企画。この番組のスポンサーに付くことを、伊藤を通じてJALに提案した。最初は「平日に15分間だけ放送する帯番組」として提案したものの、前述した夢を持つ伊藤が「15分では短過ぎる」と難色を示したため、(日本国内の他のラジオ局が放送を一斉に休止していた)24時台(午前0時台)に60分間の放送枠を確保することで合意。アメリカから取り寄せた『Music Till Dawn』の同録音源をベースに、「ジェット機のエンジンが駆動していることを示す効果音を番組の冒頭に流す」「旅情をかき立てる詩をパーソナリティがオープニングで『ミスター・ロンリー』に乗せて語る」「ヴォーカルの入った楽曲を一切放送しない」といった方針を立てたうえで当番組の制作を始めた。ちなみに、『Music Till Dawn』のオープニングではパーソナリティがタイトルコールを発するまでに3分以上を要していたが、当番組ではこのような演出をオープニングで採用。また、伊藤はその詩の執筆も手掛けていて、初代「機長」(パーソナリティ)の城達也が初回から999回目の放送まで実際に読み上げていた[1]。
「リスナーに旅の感動と楽しさを提供する新しいエンタテインメント・プログラム」[11]と銘打って、『LOVE SOUNDS ON JET STREAM』(ラブ・サウンズ・オン・ジェット・ストリーム)というタイトルで放送していた時期に担当。担当期間は2年半であり、2023年2月までの歴代パーソナリティでは最も短いが、2017年には放送50周年記念番組に出演していた。
FM TOKYOでは、1996年から週末の午後に冠番組(『福山雅治のSUZUKI Talking F.M.』→『福山雅治 福のラジオ』)を担当。当番組の「機長」に起用されてからも、『福のラジオ』のパーソナリティを続けている。「機長」への起用を決めたエフエム東京編成部長(当時)の宮野潤一も、本人がAM・FMを問わず多数のラジオ番組でパーソナリティを務めてきたことを踏まえて、「新時代の機長は、ラジオのキャリア、ラジオ愛、そしてあのお声を持つ福山さんしかいない」と述べていた[12]。
2007年7月4日(3日深夜) - 放送開始40周年を迎える。前時間番組『SCHOOL OF LOCK!』を短縮、前日の3日23時から特別番組「JET STREAM 40th Anniversary Around the oneworld」を全国放送。オープニングは城のナレーションの録音が使用された。4日0時の時報直後は『ムーン・リバー』が流れる。
2010年7月1日(6月30日深夜) - 2010 FIFA ワールドカップ南アフリカ大会(パラグアイ×日本戦)の中継のため、上記と同様に2:00開始への変更を予定していたが、試合が延長し予定より1時間繰り下げて、通常より3時間繰り下げの3:00から放送した(ただし、サッカー中継を放送しなかった局に関しては通常通り0:00からの先行ネットで放送した)。
2017年7月3日 - 放送開始50周年特別番組『JET STREAM-50th Anniversary Special-』を23:00 - 翌0:55に放送(このため、前時間番組の『SCHOOL OF LOCK!』は短縮)。また、当日は『クロノス』から『Skyrocket Company』までの6番組を対象に、「旅」をテーマに放送され、本番組の原点である「音楽による旅への誘い」をコンセプトにした企画や、大沢たかおによるメッセージが放送された[19]。また23時台は『Road to 50th Flight〜飛び続ける翼〜』と題して、オープニングに初代パーソナリティー城達也の録音を流したほか、これまで担当した歴代パーソナリティーの音源やオープニングも流した(このブロックではCM無しの60分ノーカットで放送)。4日0時台は『Fly To The Future〜大空の間奏曲〜』と題し、TOKYO FMスタジオイリスから生放送を実施した。