1988 trat Schmid in den auswärtigen Dienst ein und absolvierte bis 1990 die Diplomatenausbildung. In den folgenden Jahren war sie unter anderem als Pressereferentin in der Deutschen Botschaft in Washington, D.C. tätig. Von 1994 bis 1998 arbeitete Schmid als Referentin im Büro von AußenministerKlaus Kinkel. Die gleiche Funktion hatte sie von 1998 bis 2000 bei Außenminister Joschka Fischer inne.
Nach Gründung des Europäischen Auswärtigen Dienstes wurde Schmid 2010 stellvertretende Generalsekretärin für politische Fragen. In dieser Funktion war sie an den Verhandlungen mit dem Iran über dessen Atomprogramm beteiligt. Ihre Aufgabe bestand darin, mit Abbas Araghchi (Vize für Außenpolitik und internationale Sicherheit des Generalsekretärs des Hohen Rates für Nationale Sicherheit Irans) zu verhandeln und somit die Gespräche auf nächsthöherer Ebene, die vorerst noch auf technischer Ebene erfolgten, fortzuführen.[5]
Im Zuge diplomatischer Bemühungen um eine Lösung der Krise in der Ukraine wurden Anfang Februar 2014 kritische, offenbar abgehörte Äußerungen Schmids über die Politik der USA bekannt, als deren Diplomatin Victoria Nuland durch die abgelauschte Äußerung „Fuck the EU“ in die Schlagzeilen geraten war. „Die Amerikaner gehen ein bisschen herum und erzählen, dass wir zu weich sind, während sie stärker sind und auf Sanktionen gehen“, sagte Schmid demnach zu Jan Tombiński, dem EU-Botschafter in Kiew. Das Vorgehen der Amerikaner sei „wirklich sehr unfair“.[6][7]
Bei den Aushandlungen um die Atomvereinbarung der EU-3 mit dem Iran, die 2015 erfolgreich abgeschlossen wurden, war Schmid als Hauptautorin des 100-Seiten-Vertrages diejenige, die den genauen Wortlaut des Textes Schritt für Schritt mit dem späteren Präsidenten Rouhani verhandelt hatte, der damals der iranische Chefunterhändler im Atomstreit war.[8]
Im September 2016 wurde Helga Schmid Nachfolgerin von Alain Le Roy als Generalsekretärin des EAD. Am 2. Dezember 2020 wurde sie auf Vorschlag der Botschafter der 57 OSZE-Mitgliedsstaaten in einer internen Sitzung im Rahmen eines vom albanischen OSZE-Vorsitz vorgeschlagene Personalpakets als neue Vorsitzende gewählt.[9] Der formelle Beschluss wurde vom OSZE-Ministerrat am 4. Dezember gefällt.[10]
Adelheid Schmidt-Thomé: Helga Maria Schmid. In: dies.: Ich war die Erste. Bayerische Pionierinnen im Porträt. Allitera Verlag, München 2022, ISBN 978-3-96233-307-2, S. 150f.